Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,679,301 | T→G | 94.7% | Q1078P (CAG→CCG) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,679,301 | 0 | T | G | 94.7% | 1029.2 / 24.2 | 263 | Q1078P (CAG→CCG) | bcsC | cellulose synthase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/10); new base G (139/110); total (143/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.59e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GGCTGGGTGCGTAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTCCCACGACCAGTTTTCCGTGCGCTCCCGCCACATCACCGGTATGGCAAACGACAGGTAT > CP009273/3679152‑3679447 | ggCTGGGTGCGTAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCt < 2:194405/150‑1 (MQ=255) gggTGCGTAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCa > 2:1872216/1‑150 (MQ=255) gggTGCGTAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCa < 1:1624955/150‑1 (MQ=255) 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tAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAgtcggtc > 1:2493000/1‑150 (MQ=255) tAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAgtcggtc < 1:2444689/150‑1 (MQ=255) aaTCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAgtcggtcg > 2:1676854/1‑150 (MQ=255) aaTCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAgtcggtcg > 1:2065467/1‑150 (MQ=255) aTCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCGGCCAGtcggtcgg < 2:2041451/150‑1 (MQ=255) 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cttcCGGCCAGTCGGTCGGTATCTTATTAATCAGCGTATAACGCGGCTTGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTCCCACGACCAGTTTTCGGTGCGCTCCCGCCACATCACCGTTTTGGCAAACGACAGGt < 2:1120828/150‑1 (MQ=255) tcCGGCCAGTCGTTCGGTATCAGATTAATCAGCGTATAACGCGGCTTGGTTTTGGTGCGTGATTGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTCCCACGACCAGTTTTCCGTGCGCTCCCGCCACATCACGGTTATGGCAAACGACAGGTAt < 2:612188/150‑1 (MQ=255) | GGCTGGGTGCGTAATCTTTCGCCTGCTGGATATCAATTGCCGTGCCAACAAACCAGTTGGAAGTAACACGTCGTTCAAGTAATGCCCGCGCCGTGTAGCCGAAGCCCTGACTGCTGCCGCCATCGTTGGATTGCCGCGCAGCTTCTTCCTGCCAGTCGGTCGGGATCAGATTCATCAGCGGATAACGCGGCATGGTTTTGGTGCGTGAATGCGACCACGAGCCAGACGCACCCAGCTCCCACGACCAGTTTTCCGTGCGCTCCCGCCACATCACCGGTATGGCAAACGACAGGTAT > CP009273/3679152‑3679447 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |