Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,818,010 | C→A | 93.9% | H46N (CAT→AAT) | trmH → | tRNA mG18‑2'‑O‑methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,818,010 | 0 | C | A | 93.9% | 1037.4 / 46.2 | 322 | H46N (CAT→AAT) | trmH | tRNA mG18‑2'‑O‑methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/3); new base A (180/122); total (197/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
AAATTAATGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTACATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGCATGCAGATTCTG > CP009273/3817862‑3818156 | aaaTTAATGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTACa > 2:1409726/1‑150 (MQ=255) ttAATGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGa > 2:3991488/1‑150 (MQ=255) aaTGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAg > 1:1664996/1‑150 (MQ=255) aaTGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAg > 1:1502096/1‑150 (MQ=255) tGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGtt > 1:2114538/1‑150 (MQ=255) tGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCg < 2:3361152/150‑1 (MQ=255) tGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCg > 1:1082084/1‑150 (MQ=255) ccAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTgg < 1:3387606/150‑1 (MQ=255) cAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGc > 1:439025/1‑150 (MQ=255) cacGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTg > 2:1617467/1‑150 (MQ=255) gtgaTGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAACCCTCAGAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTa < 2:4347383/147‑1 (MQ=255) gTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTa > 2:2491138/1‑150 (MQ=255) tATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGc > 2:3159863/1‑150 (MQ=255) aTGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGcc > 2:4167596/1‑150 (MQ=255) cGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATg > 2:1597721/1‑150 (MQ=255) cGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATg > 2:3856792/1‑150 (MQ=255) cGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATg > 1:2311950/1‑150 (MQ=255) gCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATgc > 1:3091766/1‑150 (MQ=255) 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attattCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCAt > 1:2649366/1‑150 (MQ=255) tattCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCAtct > 1:922590/1‑150 (MQ=255) tattCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCAtct < 1:2239125/150‑1 (MQ=255) attCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCAtctc > 2:180266/1‑150 (MQ=255) attCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCAtctc > 2:4059132/1‑150 (MQ=255) agtCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCAtctc < 2:3721798/148‑1 (MQ=255) gTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAg > 1:1575032/1‑150 (MQ=255) gTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAg > 2:2211717/1‑150 (MQ=255) gTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAg > 1:1167481/1‑150 (MQ=255) gTACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAg > 1:137818/1‑150 (MQ=255) tACCGCAGATGCCGTTGGGGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCATGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTAGCTCATCTCAAAgg < 1:1602871/150‑1 (MQ=255) tACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAgg < 2:2240302/150‑1 (MQ=255) tACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAgg < 2:65991/150‑1 (MQ=255) tACCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAgg < 2:711398/150‑1 (MQ=255) aCCGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGc > 1:544688/1‑150 (MQ=255) cGCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCa > 1:3200399/1‑150 (MQ=255) gCAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAg < 2:2342514/150‑1 (MQ=255) cAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAgg > 1:3680479/1‑150 (MQ=255) cAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAgg > 1:3951114/1‑150 (MQ=255) cAGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAgg > 1:1809896/1‑150 (MQ=255) aGATGCCGTTGGCGTACATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAggg > 1:3070516/1‑150 (MQ=255) aGATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAggg < 2:1863846/150‑1 (MQ=255) gATGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGc > 1:784519/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGCAt < 2:875366/150‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTAAATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGCATGCa > 1:930855/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGTACATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGCATGCAg > 1:2446445/1‑150 (MQ=255) cGTACATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGCATGCAGATTCt < 1:1409726/150‑1 (MQ=255) | AAATTAATGTTTTATGAACCCAACACGTTATGCACGCATCTGCGAAATGCTCGCCAGGCGGCAGCCTGATCTGACCGTCTGCATGGAGCAGGTCCACAAACCTCATAACGTTTCTGCGATTATTCGTACCGCAGATGCCGTTGGCGTACATGAAGTTCACGCCGTCTGGCCTGGTAGCCGCATGCGCACCATGGCTTCGGCAGCGGCGGGTAGTAACAGCTGGGTACAGGTGAAAACACACCGCACCATTGGCGATGCCGTCGCTCATCTCAAAGGCCAGGGCATGCAGATTCTG > CP009273/3817862‑3818156 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |