| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,830,197 | C→A | 91.3% | intergenic (+281/‑116) | yicT → / → setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,830,197 | 0 | C | A | 91.3% | 502.5 / 39.8 | 174 | intergenic (+281/‑116) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/8); new base A (92/67); total (99/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |