| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 314,223 | G→T | 5.2% | S19Y (TCC→TAC) | rclB ← | reactive chlorine species (RCS) stress resistance periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 314,223 | 0 | G | T | 5.2% | 761.4 / 15.1 | 197 | S19Y (TCC→TAC) | rclB | reactive chlorine species (RCS) stress resistance periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/94); new base T (5/6); total (97/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
ATTATCAATTCGCATCGATGTGACTTTCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGAAAATGCCATAACGCCAGATAATAGTGTTGCAAATAAAACAGATTTTTTAAACATATAAAATACCATCAATGAAGTGATTAAGAAGTTATAGAGTAACAGAGAATTAATAAGATTCTTTTCTCTGAGACGCCAGAATATTTGTTCTGGC > CP009273/314075‑314372 | ttatCAATTCGCATCGATGTGACTTTCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGaa < 1:1567581/150‑1 (MQ=255) tatCAATTCGCATCGATGTGACTTTCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGaaa > 1:208233/1‑150 (MQ=255) atCAATTCGCATCGATGTGACTTTCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGaaaa < 2:1012948/150‑1 (MQ=255) 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gATGTGACTTTCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGAAAATGCCATAACGCCa < 2:76651/150‑1 (MQ=255) cTTTCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGAAAATGCCATAACGCCAGataata < 2:3189584/150‑1 (MQ=255) tCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGAAAATGCCATAACGCCAGATAATAgtg < 2:4223531/150‑1 (MQ=255) tCCAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGAAAATGCCATAACGCCAGATAATAgtg < 1:611046/150‑1 (MQ=255) cAGGATGAAGCATTATATTTTCTGGCTATATCAGCAATGGTATCCTCCAGAACTGTCGGTGATGCTGATACTGACGAGACGCTGATATGTTTCAGAATTATTTTATCATCTGCATTGGTGGAAAATGCCATAACGCCAGATAATAGTGtt < 1:1835186/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |