| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,096,555 | G→T | 8.6% | S53S (TCG→TCT) | fieF → | ferrous iron and zinc transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,096,555 | 0 | G | T | 8.6% | 921.5 / 35.9 | 256 | S53S (TCG→TCT) | fieF | ferrous iron and zinc transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/125); new base T (14/10); total (121/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CTTATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCA > CP009273/4096407‑4096704 | ttATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGtt > 2:2312244/1‑150 (MQ=255) tGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGAc < 1:2499489/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGaa > 1:2599949/1‑150 (MQ=255) gCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTTGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAAttt < 2:1425780/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAAttt < 2:2152975/150‑1 (MQ=255) cTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTa > 2:2039749/1‑150 (MQ=255) cTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTa < 1:3557303/150‑1 (MQ=255) gTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATtg > 2:464677/1‑150 (MQ=255) tCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtgg < 1:102703/150‑1 (MQ=255) tCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtgg > 1:4304165/1‑150 (MQ=255) cAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtggt > 2:2999669/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtggtg < 2:3447656/150‑1 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtggtg > 2:3574596/1‑150 (MQ=255) aGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCGTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTGGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATtggtg < 2:1252644/150‑1 (MQ=255) tCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATTggtggt > 2:2090414/1‑150 (MQ=255) cggcgATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGTCGAATTTATTGGTGGTGCGat > 1:3398682/1‑150 (MQ=255) gATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTc < 1:1501712/150‑1 (MQ=255) tgctgcGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCt < 2:1551589/150‑1 (MQ=255) aCGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGAGTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCt < 2:537174/150‑1 (MQ=255) cGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTATAGCCCCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGTCGAAATTATTTTTGGTGCGATATTACCTTCaaaaat > 1:3682119/1‑146 (MQ=255) tGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGCATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCAGCcgacg > 1:804814/1‑150 (MQ=255) tGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGGTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTACCTGCAACCTGCcgacg > 1:1902312/1‑150 (MQ=255) ggCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCcgacga > 1:1737164/1‑150 (MQ=255) gCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGAt > 1:3258307/1‑150 (MQ=255) gCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGAt < 2:1866217/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATaa < 2:232025/150‑1 (MQ=255) cGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATc > 2:3380351/1‑150 (MQ=255) gctgctATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCa < 1:2781855/150‑1 (MQ=255) tgctATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGAGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACt > 2:241531/1‑150 (MQ=255) gCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTgg < 1:3370373/150‑1 (MQ=255) gCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTgg < 1:1176024/150‑1 (MQ=255) cTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGt > 1:3098418/1‑150 (MQ=255) gATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCa < 1:3972333/150‑1 (MQ=255) aTTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCAc > 1:659694/1‑150 (MQ=255) aTTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCAc > 2:2210335/1‑150 (MQ=255) aTTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCAc < 1:1090499/150‑1 (MQ=255) ttAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACg > 1:298844/1‑150 (MQ=255) ttAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACg < 1:2211072/150‑1 (MQ=255) 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ctcGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGttt < 2:3863492/150‑1 (MQ=255) ctcGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGttt < 1:694142/150‑1 (MQ=255) gccgcGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTAtc > 1:3477249/1‑150 (MQ=255) ccgcGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTAtct < 1:1291846/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTcc < 2:1466441/150‑1 (MQ=255) 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tggATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGGATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGt > 2:35383/1‑150 (MQ=255) atatCGGCGCGTCTTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGtttt < 1:988744/150‑1 (MQ=255) atatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGtttt < 1:1213357/150‑1 (MQ=255) atatCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTAGGTGGATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGttgt > 2:2392828/1‑148 (MQ=255) tCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGa > 2:1669645/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTa > 1:590197/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTa > 1:2762926/1‑150 (MQ=255) cgtcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTa < 2:1503280/150‑1 (MQ=255) gtcttTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTAt > 1:3534301/1‑150 (MQ=255) tcgtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTAtt < 1:1804585/150‑1 (MQ=255) gtTGACGTATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCa < 1:3967986/150‑1 (MQ=255) gtTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCa < 1:4235876/150‑1 (MQ=255) | CTTATGGACGGCTGGTCAGTCGGGCGGCGATTGCTGCGACGGCGATGGCTTCGCTGCTATTGCTGATTAAAATTTTTGCATGGTGGTATACCGGGTCGGTGAGTATTCTCGCCGCGCTGGTGGATTCGCTGGTGGATATCGGCGCGTCGTTGACGAATTTATTGGTGGTGCGATATTCCCTGCAACCTGCCGACGATAATCACTCGTTTGGTCACGGTAAAGCTGAGTCCCTCGCGGCGCTGGCGCAAAGTATGTTTATCTCCGGTTCGGCACTATTCCTGTTTTTGACGGGTATTCA > CP009273/4096407‑4096704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |