| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,143,605 | G→T | 15.5% | intergenic (‑579/+19) | ppc ← / ← argE | phosphoenolpyruvate carboxylase/acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,143,605 | 0 | G | T | 15.5% | 777.8 / 94.7 | 257 | intergenic (‑579/+19) | ppc/argE | phosphoenolpyruvate carboxylase/acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/115); new base T (21/19); total (123/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGG > CP009273/4143456‑4143752 | gCAACAGTGCCGGATGCGGCTCGAGCGCCTTATCCGGCCAACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAgcg < 1:456707/150‑1 (MQ=255) aaCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGcc > 1:991703/1‑150 (MQ=39) aCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCt > 1:1554011/1‑150 (MQ=39) gTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTAt > 1:1940637/1‑150 (MQ=39) gATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGcc > 2:282225/1‑150 (MQ=255) gATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGGTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGcc > 2:3382915/1‑150 (MQ=255) tGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGAATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTa > 1:3927845/1‑150 (MQ=17) cggcgCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACg < 1:1483056/150‑1 (MQ=255) cgAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTa > 2:283675/1‑150 (MQ=255) gAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTaa > 2:2102686/1‑150 (MQ=255) gAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTaa > 2:3066118/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGCCTACGTTTTAAt > 1:1164254/1‑150 (MQ=255) gcCTTATCCTCCCTACGGTAGGGCATCTATTGAGACACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGcc < 1:1514051/150‑1 (MQ=14) cTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAg > 1:1042079/1‑150 (MQ=255) ttATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGc > 2:4073993/1‑150 (MQ=255) tATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAATATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGTAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCa < 1:3143496/150‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCa > 2:511349/1‑150 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTAGTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCaa < 2:3894191/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCaaaa > 1:4174356/1‑150 (MQ=255) tACTGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGAATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTg < 2:1724647/150‑1 (MQ=255) tACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTg > 2:1094606/1‑150 (MQ=255) aCGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGTTGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGa < 1:4082873/150‑1 (MQ=255) ttGGGCATCGTTTGAGTCACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTa < 2:1578747/150‑1 (MQ=255) ttGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTa < 1:2858200/150‑1 (MQ=255) ggCATCGATAGAGTCTCTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCt < 1:1494969/150‑1 (MQ=255) gCATCGTTTGAGTCACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTTTCGATTCCGTGTTTATTGCGGCACTGGTGTTTGTCTACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTg < 1:2009773/150‑1 (MQ=17) gCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTg < 1:2340683/150‑1 (MQ=255) aTCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCTACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTggg < 1:754299/150‑1 (MQ=255) aTCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTggg > 1:480931/1‑150 (MQ=255) cGTTTGAGTCACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGtt > 1:2169314/1‑150 (MQ=255) gTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTa < 1:2617477/150‑1 (MQ=255) gTTTGAGCCTCTGTAGGTCGGATAATATGCTCAATCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTa < 1:2232308/150‑1 (MQ=21) ttGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATc > 1:3130348/1‑150 (MQ=255) tGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCa > 1:889328/1‑150 (MQ=255) ctcgcTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGtt < 2:3722384/146‑1 (MQ=255) tcggtGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGGATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGGGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTc < 2:3705072/146‑1 (MQ=255) tCACTGTCGGTCGGATAAGATGCGCAAGTATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTc < 2:2469967/150‑1 (MQ=255) actcTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTc < 2:1265634/147‑1 (MQ=255) cTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTcgcg < 2:3588808/150‑1 (MQ=255) gTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCggg < 1:1312187/150‑1 (MQ=255) cggTCGGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTg < 1:528189/149‑1 (MQ=255) ggATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCtt > 2:2672260/1‑150 (MQ=255) gATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTg < 1:2447577/150‑1 (MQ=255) 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tattGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGt < 2:3652298/150‑1 (MQ=255) tattGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGt > 1:3059607/1‑150 (MQ=255) attGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCTCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGtt < 1:1317205/150‑1 (MQ=255) attGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGtt < 1:2815803/150‑1 (MQ=255) attGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGtt > 2:3472499/1‑150 (MQ=255) 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ggATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCa > 2:1634554/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCa < 1:2733789/150‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCa > 1:1055474/1‑150 (MQ=255) gcgAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCg < 2:2869621/150‑1 (MQ=255) cgAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGt < 2:139880/150‑1 (MQ=255) | GCAACAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGG > CP009273/4143456‑4143752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |