| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,144,697 | C→A | 13.2% | A27S (GCA→TCA) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,144,697 | 0 | C | A | 13.2% | 804.9 / 75.6 | 243 | A27S (GCA→TCA) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/113); new base A (12/20); total (110/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CAACAAGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAATACACTAACGTT > CP009273/4144548‑4144846 | caacaaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGc > 1:1451656/1‑150 (MQ=255)caacaaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGc > 2:2981095/1‑150 (MQ=255) aacaaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGcc < 1:986601/150‑1 (MQ=255) aaGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCctct < 1:2336322/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCtt > 1:388322/1‑150 (MQ=255) ccgccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTcc < 2:3377730/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTg < 1:1741407/150‑1 (MQ=255) cAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTgg > 1:922824/1‑150 (MQ=255) cAGCCCCCTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTgg > 1:3406142/1‑150 (MQ=255) ccTGTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTa > 2:3411725/1‑150 (MQ=255) gTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTg < 1:604401/150‑1 (MQ=255) gTCCGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTg < 2:3523115/150‑1 (MQ=255) cGATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAg > 1:183654/1‑150 (MQ=255) aTACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGgt > 2:407159/1‑150 (MQ=255) aCTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGgtgt > 1:1543895/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGc > 1:674114/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGACTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGc > 1:3887549/1‑150 (MQ=255) cAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTACACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAAt < 1:1891231/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |