| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,241,633 | C→T | 14.6% | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI → | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,241,633 | 0 | C | T | 14.6% | 448.8 / 58.0 | 157 | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/63); new base T (13/10); total (84/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CATTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAACAA > CP009273/4241484‑4241781 | cATTGCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATAc > 1:1558587/1‑150 (MQ=255) gCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAg < 2:2119440/150‑1 (MQ=255) gCCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAg > 2:2239191/1‑150 (MQ=255) 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aCTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTAt > 1:264145/1‑150 (MQ=255) ggTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCg > 1:3899549/1‑150 (MQ=255) gCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACa > 2:3052032/1‑150 (MQ=255) aaaaaTACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGAtt < 2:1812603/150‑1 (MQ=255) aCTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGa < 1:3978418/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |