| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,333,431 | C→A | 11.9% | I82I (ATC→ATA) | melB → | melibiose:sodium symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,333,431 | 0 | C | A | 11.9% | 833.7 / 65.9 | 249 | I82I (ATC→ATA) | melB | melibiose:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/105); new base A (18/12); total (132/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TACACCGATGTCGTCGGGCTGTCTGTGGGTTTGGTCGGTACTTTGTTTCTGGTGGCGAGGATCTGGGATGCTATTAACGATCCGATTATGGGATGGATTGTAAATGCTACGCGATCGCGATGGGGTAAGTTCAAACCCTGGATCCTGATCGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCC > CP009273/4333282‑4333580 | tacACCGATGTCGTCGGGCTGTCTGTGGGTTTGGTCGGTACTTTGTTTCTGGTGGCGAGGATCTGGGATGCTATTAACGATCCGATTATGGGATGGATTGTAAATGCTACGCGATCGCGATGGGGTAAGTTCAAACCCTGGATCCTGATc < 2:1914120/150‑1 (MQ=255) acacCGATGTCGTCGGGCTGTCTGTGGGTTTGGTCGGTACTTTGTTTCTGGTGGCGAGGATCTGGGATGCTATTAACGATCCGATTATGGGATGGATTGTAAATGCTACGCGATCGCGATGGGGTAAGTTCAAACCCTGGATCCTGATCg < 1:3841183/150‑1 (MQ=255) cacCGATGTCGTCGGGCTGTCTGTGGGTTTGGTCGGTACTTTGTTTCTGGTGGCGAGGATCTGGGATGCTATTAACGATCCGATTATGGGATGGATTGTAAATGCTACGCGATCGCGATGGGGTAAGTTCAAACCCTGGATCCTGATCgg > 2:931372/1‑150 (MQ=255) 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aGTTCAAACCCTGGATCGTGATAGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGata > 2:2859009/1‑150 (MQ=255) gTTCAAACCCTGGATCCTGATCGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGatat < 2:1869514/150‑1 (MQ=255) ttCAAACCCTGGATCCTGATAGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATAtt < 2:571506/150‑1 (MQ=255) aCCCTGGATCCTGATCGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCtt < 2:1737885/150‑1 (MQ=255) ccTGGATCCTGATCGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCATCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCt > 2:3276066/1‑150 (MQ=255) 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aTCGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGtt < 1:475997/150‑1 (MQ=255) cGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTcc < 1:1777982/150‑1 (MQ=255) | TACACCGATGTCGTCGGGCTGTCTGTGGGTTTGGTCGGTACTTTGTTTCTGGTGGCGAGGATCTGGGATGCTATTAACGATCCGATTATGGGATGGATTGTAAATGCTACGCGATCGCGATGGGGTAAGTTCAAACCCTGGATCCTGATCGGTACGTTGGCAAACTCTGTAATCTTATTTCTCCTCTTTAGTGCGCATCTGTTTGAAGGTACTACTCAGATTGTCTTTGTTTGCGTGACCTACATCCTCTGGGGCATGACTTACACCATTATGGATATTCCCTTCTGGTCGCTGGTTCC > CP009273/4333282‑4333580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |