| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,518,092 | A→C | 8.0% | L215V (TTG→GTG) | sgcQ ← | putative nucleoside triphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,518,092 | 0 | A | C | 8.0% | 672.5 / 5.9 | 260 | L215V (TTG→GTG) | sgcQ | putative nucleoside triphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (128/103); new base C (3/26); total (131/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
ATGCACTTTCTCCATAAACTGACTGACTCGCGCCTGGTCAACGAAATTGGCAAAAACGCCGTCCTTTTTAAAGGTGGTTGCGGTCACACAGCCATCGGCGATACTGAGTTGTTCCTCCACGTTTTCCAGGCAGACGCCCGTGTTGGCCAACACGACGGTGTCAGGCACCGTTTCTTTGACCCGTTTTAACAGCGCGCTGTCGGTACGCGTCCCGGCGGTCAGGCCAGAAACACAGAGCGCATCAGGATGGTTGTTAAATACTGTCGATTTAGCAATAGAACAGATATCGCGATTGCCCA > CP009273/4517943‑4518241 | tgCACTTTCTCCATAAACTGACTGACTCGCGCCTGGTCAACGAAATTGGCAAAAACGCCGTCCTTTTTAAAGGTGGTTGCGGTCACACAGCCATCGGCGATACTGAGTTGTTCCTCCACGTTTTCCAGGCAGACGCCCGTGTTGGCCAac < 1:2656810/150‑1 (MQ=255) tgCACTTTCTCCATAAACTGACTGACTCGCGCCTGGTCAACGAAATTGGCAAAAACGCCGTCCTTTTTAAAGGTGGTTGCGGTCACACAGCCATCGGCGATACTGAGTTGTTCCTCCACGTTTTCCAGGCAGACGCCCGTGTTGGCCAac < 1:3667421/150‑1 (MQ=255) gCACTTTCTCCATAAACTGACTGACTCGCGCCTGGTCAACGAAATTGGCAAAAACGCCGTCCTTTTTAAAGGTGGTTGCGGTCACACAGCCATCGGCGATACTGAGTTGTTCCTCCACGTTTTCCAGGCAGACGCCCGTGTTGGCCAaca < 1:3492876/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |