| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,531,451 | A→G | 7.3% | intergenic (+75/‑403) | fimB → / → fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,531,451 | 0 | A | G | 7.3% | 597.2 / 28.3 | 178 | intergenic (+75/‑403) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/108); new base G (4/9); total (61/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
ACCGCCAGCAATGCAGGGCGTTTTTACGGCATCTGGGATAGAGCCAGAGGACGACAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATACAAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTC > CP009273/4531302‑4531600 | aCCGCCAGCAATGCAGGGCGTTTTTACGGCATCTGGGATAGAGCCAGAGGACGACAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATtta < 2:2205148/150‑1 (MQ=255) cGCCAGCAATGCAGGGCGTTTTTACGGCATCTGGGATAGAGCCAGAGGACGACAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATttatt > 1:1036268/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAATGCAGGGCGTTTTTACGGCATCTGGGATAGAGCCAGAGGACGACAGCGTCACGCTGTTTTATAGAGATAGTTGAGATACCAGGGATGGTGTTAAAAACTACATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATttatt > 1:1036213/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |