| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,562,043 | C→A | 100% | intergenic (+311/‑188) | yjiS → / → yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,562,043 | 0 | C | A | 96.0% | 421.3 / 7.8 | 126 | intergenic (+311/‑188) | yjiS/yjiT | DUF1127 family protein/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/4); new base A (67/54); total (68/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATCAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAATGTTGTG > CP009273/4561897‑4562190 | tACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAgg > 1:2890912/1‑150 (MQ=255)tACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAgg < 2:257007/150‑1 (MQ=255)tACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATAAgg > 1:560878/1‑150 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taAAATAAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAAtgt > 2:579948/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAATGTtgtg > 2:2786274/1‑150 (MQ=255) | TACTTGTGTTTTTTGACTGACTTTACAACTCTCATTATTCGCTATTGTGCAGTTTCTCTAATTGTTTTATACCCTGGAAAGTTAAATGTCAGCTACTGAATACTTTTTGATTGTTTGAGATTTATTTTCATTTGAAATTATAAAATCAGGTGATAAATGAGTTGTGATTAATAGATGGTTGATATCATTTTTATCTAAAATTGATTTATAGTATCGACCTGAAAAAATAGTTGTTGCCGCCTGAGTAACTATACAATATTCTGAAAGGTTTTCTTTCAAATTAGAAATGTTGTG > CP009273/4561897‑4562190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |