Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,584,756 | A→T | 32.6% | *305K (TAA→AAA) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,584,756 | 0 | A | T | 32.6% | 269.4 / 207.4 | 190 | *305K (TAA→AAA) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/68); new base T (29/33); total (89/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GCAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAATGATAT > CP009273/4584608‑4584905 | gCAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTaa < 2:1501933/150‑1 (MQ=255) cAGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAAt > 1:1870176/1‑150 (MQ=255) aGGTTAAAGTTTTAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATg < 1:1358457/150‑1 (MQ=255) 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ttttAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAAcg > 1:1292727/1‑150 (MQ=255) tAGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCgt < 2:564328/150‑1 (MQ=255) aGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCgtg < 1:3353047/150‑1 (MQ=255) aGGACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCgtg < 1:4058133/150‑1 (MQ=255) gACTTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGtt > 1:1761221/1‑150 (MQ=255) 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aaaaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAAt > 2:403003/1‑150 (MQ=255) aaaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATc < 1:1668133/150‑1 (MQ=255) aaaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATc < 1:831855/150‑1 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCat < 1:1218027/150‑1 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCat > 2:3986995/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |