Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,625,288 | T→C | 89.8% | intergenic (‑161/‑50) | rob ← / → creA | right oriC‑binding transcriptional activator, AraC family/putative periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,625,288 | 0 | T | C | 89.8% | 635.7 / 46.9 | 195 | intergenic (‑161/‑50) | rob/creA | right oriC‑binding transcriptional activator, AraC family/putative periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/12); new base C (82/93); total (90/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.45e-01 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CCTTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAAT > CP009273/4625141‑4625435 | ccTTTCAAAAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTTGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTActt < 2:3094155/150‑1 (MQ=255) tttCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGttacttac > 2:1459444/1‑150 (MQ=255) tttCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGttacttac > 2:3650248/1‑150 (MQ=255) caacaaCGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGt < 2:1925240/150‑1 (MQ=255) aacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACg > 2:2233051/1‑150 (MQ=255) gAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAAc > 1:1532946/1‑150 (MQ=255) cACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTaa > 1:3457545/1‑150 (MQ=255) aCCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAAt > 2:754179/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |