Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 397,959 | G→A | 39.4% | A253T (GCG→ACG) | phoA → | bacterial alkaline phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 397,959 | 0 | G | A | 39.4% | 208.1 / 282.6 | 226 | A253T (GCG→ACG) | phoA | bacterial alkaline phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/71); new base A (53/36); total (119/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATCGA > CP009273/397811‑398107 | cGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAacaggcacaggc < 2:1889619/150‑1 (MQ=255) ctctGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTGCGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGacgc > 1:820620/1‑150 (MQ=255) ctGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGt > 2:117686/1‑150 (MQ=255) ggAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTgg > 1:2412301/1‑150 (MQ=255) ggAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTgg > 1:684616/1‑150 (MQ=255) aaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTa < 1:2876593/150‑1 (MQ=255) aaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTAt > 2:2423216/1‑150 (MQ=255) aaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATc < 2:3638198/150‑1 (MQ=255) aGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCa < 2:2786730/150‑1 (MQ=255) ggCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAg < 2:4216659/150‑1 (MQ=255) ggCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAg > 1:4133457/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTg > 1:3958599/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTg > 2:1966236/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCATTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTg > 2:3251153/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTgg > 2:3368215/1‑150 (MQ=255) aaaaGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGt < 2:733307/150‑1 (MQ=255) aaaGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTg > 1:2452562/1‑150 (MQ=255) aGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAACAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGTATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAg < 1:1690144/150‑1 (MQ=255) 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ttAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCgg > 1:1469528/1‑150 (MQ=255) ttAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCgg > 2:856123/1‑150 (MQ=255) ttAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCgg > 1:3520857/1‑150 (MQ=255) aaCGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTg < 2:249529/150‑1 (MQ=255) cGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGAc < 2:1357510/150‑1 (MQ=255) 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aggcGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATCg < 1:217705/150‑1 (MQ=255) aggcGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATCg < 2:1947821/150‑1 (MQ=255) | CGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATCGA > CP009273/397811‑398107 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |