Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 625,364 | G→T | 93.7% | G5G (GGG→GGT) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 625,364 | 0 | G | T | 93.7% | 706.4 / 35.2 | 221 | G5G (GGG→GGT) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base T (133/74); total (140/81) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGGAAATACCTCGTCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCT > CP009273/625217‑625510 | gATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTaa < 2:2342368/150‑1 (MQ=255) tCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAAt > 2:4354520/1‑150 (MQ=255) cGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGTAAATa > 1:4585080/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |