| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 80,491 | 0 | G | T | 12.1% | 415.9 / 31.8 | 124 | intergenic (‑296/‑364) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/50); new base T (10/5); total (69/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TATTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑TTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTT > CP009273/80344‑80638 | tatTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑t < 1:2484848/150‑1 (MQ=255)tatTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑t < 1:2484717/150‑1 (MQ=255) atTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑tt > 2:1448180/1‑150 (MQ=255) 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cTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑TTTTTTTTGatat > 2:1401378/1‑150 (MQ=255) cTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑TTTTTTTTGatat > 2:4366072/1‑150 (MQ=255) cTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGAGTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑TTTTTTTTGttat > 2:3290994/1‑150 (MQ=255) aaCTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑TTTTTTTTGATATTGa > 1:3960997/1‑150 (MQ=255) tACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGA‑TTTTTTTTGATATTGAttt < 1:2468748/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |