| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 729,149 | G→A | 6.3% | D1371N (GAT→AAT) | rhsC → | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 729,149 | 0 | G | A | 6.3% | 672.2 / 22.7 | 191 | D1371N (GAT→AAT) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (84/92); new base A (7/5); total (91/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGATTCTTTAGAAACATGTAAGATGAAGTGCTCCGGAAATAACATTGGACGTTTTATTAGATTTGTATTCACCGGAGTGATGTAATGAAATATATTATTTTTTTATTCAGAGCTATATGGCTGGCTTTATCGCTTTTAATACTATTCTT > CP009273/729000‑729296 | gTTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATg < 2:1867834/150‑1 (MQ=255) ttGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGa < 1:512095/150‑1 (MQ=255) tgACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAACGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGATTc < 1:1601844/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |