| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 761,420 | C→T | 30.8% | intergenic (‑89/‑20) | mngR ← / → mngA | Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 761,420 | 0 | C | T | 30.8% | 313.4 / 179.4 | 202 | intergenic (‑89/‑20) | mngR/mngA | Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/51); new base T (37/25); total (125/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCTGAATGCGCGCTTTACCAGCCGTGAAGAG > CP009273/761271‑761568 | cACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatc > 2:751879/1‑150 (MQ=255)cACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatc > 2:4246707/1‑150 (MQ=255) cAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGa < 2:1816747/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |