| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 85,890 | G→T | 33.8% | intergenic (+371/‑231) | cra → / → mraZ | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism/RsmH methytransferase inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 85,890 | 0 | G | T | 33.8% | 349.6 / 216.1 | 222 | intergenic (+371/‑231) | cra/mraZ | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism/RsmH methytransferase inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/66); new base T (42/33); total (123/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGC > CP009273/85743‑86039 | ttAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAg > 1:1068981/1‑150 (MQ=255) acaaacaCTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCa > 1:29867/1‑150 (MQ=255) caaacaCTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCAt < 1:828004/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |