| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 868,897 | G→T | 33.9% | D155Y (GAC→TAC) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 868,897 | 0 | G | T | 33.9% | 301.4 / 178.5 | 188 | D155Y (GAC→TAC) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/41); new base T (35/29); total (118/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TAAATATTATCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTT‑AACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTAACAACAGCTGGAATCCGGCATACAATTGCTTTGATCGTCCGGGTAAAAAATGTATCTCTTTTACGCTACACATCAACGGCAAAGATCACGATTTGTTAGCGGTGGATAAAATTCATGTCGATTTAAACTGGCGATATCTGAA > CP009273/868749‑869045 | taaattTTATCTTTTTTCGGGGTGGGCGAATTATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGGGGGTTATTTTTGCCTATTTT‑AACCCATCTAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGa < 2:4150638/150‑1 (MQ=255) tattatCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCAACAGTAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTT‑AACCCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATTActct < 2:403056/150‑1 (MQ=255) ttatCTTTTTTCGCGGAGGGCGAATGATAAAATCGTTGTTTATCATCAGGAACAAGTAAATGGACCGCTTGTCGACGAGTCAGGGCGGGTTATTTTTGCCGATTTT‑AAACCATCGAAACGACCGTGGTCGGTGGCTTCAGATGACTCTaa > 2:4267239/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |