| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 991,460 | A→T | 7.9% | L314Q (CTG→CAG) | ssuA ← | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 991,460 | 0 | A | T | 7.9% | 1007.3 / 58.5 | 310 | L314Q (CTG→CAG) | ssuA | aliphatic sulfonate binding protein, SsuABC ABC transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (156/129); new base T (17/8); total (173/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GTATAGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAA > CP009273/991311‑991609 | tataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAg > 2:4282665/1‑150 (MQ=255) ataGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGt > 1:3019533/1‑150 (MQ=255) aGCCAAGACGATCCGCCGCTTGCGCAATTTGTTGCAGATAACCGTGATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTg < 2:1575880/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |