Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,083,443 | G→T | 43.4% | S624* (TCG→TAG) | pgaB ← | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine (PGA) N‑deacetylase outer membrane export lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,083,443 | 0 | G | T | 43.4% | 155.1 / 232.5 | 182 | S624* (TCG→TAG) | pgaB | poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine (PGA) N‑deacetylase outer membrane export lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/54); new base T (46/33); total (95/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TTAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCC > CP009273/1083295‑1083589 | ttAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCga < 2:2183686/150‑1 (MQ=255) ttAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCga < 2:362907/150‑1 (MQ=255) ttAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCga < 1:210721/150‑1 (MQ=255) aaTCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCtaag < 2:4665977/150‑1 (MQ=255) aaTCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCgaag < 1:2702411/150‑1 (MQ=255) aTCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCgaaga > 2:1826848/1‑150 (MQ=255) tCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCgaagaa > 1:1655273/1‑150 (MQ=255) cATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCTAAGaaa > 2:3367641/1‑150 (MQ=255) 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ttgCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTc > 2:967077/1‑150 (MQ=255) tgCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTcc < 2:3235738/150‑1 (MQ=255) | TTAATCATTTTTCGGATACCAGGCTGTTGAAAACTCAGGACGAATAAGGTCTATTTCAGGTTGGTTATGCAGAAAATTGTCGGGATAATAACCATAGTTTTTCACTCCATTCAGTTGTAATAGGCTCATCCAGTGAGCGAGTTGTTGCGAAGAAATAGCCTGATGCTGACCATTTTTCTGCCAGTTTTGTGCCTGTAATTCTAAAATAGATTTGTCTTTAGCCTGAGGGATGTTTTTAATTTGATTGGTCAATTGTATTAACCATTGGTCAGCCGATTTTTCTGCGACACCTTCC > CP009273/1083295‑1083589 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |