| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 97,893 | T→A | 29.3% | F214L (TTT→TTA) | murC → | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 97,893 | 0 | T | A | 29.3% | 510.3 / 283.5 | 307 | F214L (TTT→TTA) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (99/117); new base A (46/44); total (145/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TTGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTATCA > CP009273/97744‑98042 | ttGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt > 1:4414921/1‑150 (MQ=255)ttGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACtttt > 1:3234678/1‑150 (MQ=255) gggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTtaatt > 2:2046936/1‑150 (MQ=255) ggCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTttatta < 1:4045119/150‑1 (MQ=255) gCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTttaattaa < 1:3376569/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTaattaatt < 1:1408258/150‑1 (MQ=255) aTGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAtt < 1:3711766/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAttt < 1:878/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAAttt < 2:801832/150‑1 (MQ=255) tCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCt < 2:4030456/150‑1 (MQ=255) cGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTg < 2:1970889/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGcaca < 2:790167/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGcaca < 1:3579667/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGcaca > 2:4440065/1‑150 (MQ=255) aCCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCGGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGcaca < 2:2546545/150‑1 (MQ=255) cTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAAc > 2:51312/1‑150 (MQ=255) aTTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTg < 1:1869059/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTAATTAATTTTCTGCACAACCTGcc < 2:2224412/150‑1 (MQ=255) 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tGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTtgatg > 1:1940142/1‑150 (MQ=255) cATCTNCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGTTGTGTGTTgatgat > 1:718067/1‑150 (MQ=255) cATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGGGGTGATGTGTGTTgatgat > 1:2191032/1‑150 (MQ=255) cATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTAAGGTCGTGCGGTGATGTGGGTTgatgat > 1:2133417/1‑150 (MQ=255) aTCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGTTGTGTGTTGATGATc > 1:784150/1‑150 (MQ=255) 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cTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGGGATGTGTGTTGTTGATCCGGTGATCCGCGAATTTTTAACGCGGGTGGGGCGTCAGACCACCACTTACGGCTTCAGCGAAGATTCCGACGTGCGGGTAGAAGAtt > 1:4116163/1‑150 (MQ=255) tttATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTAt < 2:441303/150‑1 (MQ=255) | TTGGGGCATGGTCGGTACCTGATTGCCGAAGCAGATGAGAGTGATGCATCGTTCCTGCATCTGCAACCGATGGTGGCGATTGTCACCAATATCGAAGCCGACCACATGGATACCTACCAGGGCGACTTTGAGAATTTAAAACAGACTTTTATTAATTTTCTGCACAACCTGCCGTTTTACGGTCGTGCGGTGATGTGTGTTGATGATCCGGTGATCCGCGAATTGTTACCGCGAGTGGGGCGTCAGACCACGACTTACGGCTTCAGCGAAGATGCCGACGTGCGTGTAGAAGATTATCA > CP009273/97744‑98042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |