| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,369,694 | G→A | 6.8% | D159N (GAT→AAT) | ycjQ → | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,369,694 | 0 | G | A | 6.8% | 1507.4 / 62.7 | 425 | D159N (GAT→AAT) | ycjQ | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (185/210); new base A (13/16); total (198/227) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 452 total aligned reads displayed.
GCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTAAC > CP009273/1369545‑1369843 | cccGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGa > 2:2838028/1‑150 (MQ=255) cGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAtt < 2:551883/150‑1 (MQ=255) gCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGAttt < 1:4606355/150‑1 (MQ=255) 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gggATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTa < 1:559759/150‑1 (MQ=255) ggATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTaa < 2:2671341/150‑1 (MQ=255) | GCCCGCTCTCCGAGACGGTCATCATTAACGCAGTGAATAACTACAAGCTGCGCAAAATGCCGCAAGGCAGCTCCTGGAAAAACGCCGTCTGCTACGACCCGGCGCAGTTTGCCATGAGCGGCGTGCGCGATGCCAACGTGCGCGTAGGGGATTTTGTGGTGGTGGTAGGGCTTGGCGCAATCGGTCAAATTGCCATCCAACTGGCTAAACGCGCTGGCGCTTCTGTGGTGATTGGCGTCGATCCTATCGCCCATCGCTGTGATATTGCCCGTCGCCACGGCGCGGATTTCTGCCTTAAC > CP009273/1369545‑1369843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |