| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 109,800 | A→T | 5.4% | intergenic (‑94/‑131) | coaE ← / → guaC | dephospho‑CoA kinase/GMP reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 109,800 | 0 | A | T | 5.4% | 692.4 / 19.9 | 201 | intergenic (‑94/‑131) | coaE/guaC | dephospho‑CoA kinase/GMP reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/90); new base T (4/7); total (104/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CAACGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAATTTATGGGATTGTAGCGTAAAAAAAGACAATTTCGCAGTCTTGCGCCGCATTGATTAGTGCGTATGATAGCGTCACTGGAGTTGCGCTCTTACCCTTATAGCCATTAACCCCAGGAATCCGCACATGCGTATTGAAGAAGAT > CP009273/109652‑109948 | aaCGGTACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAgg > 1:2028529/1‑150 (MQ=255) tACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAAt < 2:4638089/150‑1 (MQ=255) tACTCTTGCCACTGCCAATGCCTCCCGTTAAGGCAACTATATACCTCATAATTTATATTCCCGGGAATTCATCATGATTATCAAAACGTTAAAAATGAGTGCACGAAAGCGAAATTGATGAAACGTTCGCTCACTATTTACCAGGTAAAt < 2:2236894/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |