| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,533,940 | 0 | C | T | 5.9% | 1474.2 / 48.6 | 407 | A970T (GCG→ACG) | narZ | nitrate reductase 2 (NRZ), alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (176/207); new base T (12/12); total (188/219) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
GTGATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCTTTGACTGCAACATGACCGTTGGTTTCCGGTGCCAGTGCCAGAATCACTTCTGAAGCGTCAATGGCGGTGTCAATCAGCGGACGCCCCTGTGCCGGGCCATCACGCTTGGTGTAATTGAGTTTGCCGAGGAAATCGATTTCATCCTG > CP009273/1533791‑1534087 | gTGATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGc > 1:469209/1‑150 (MQ=255) tGATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCt < 2:4101167/150‑1 (MQ=255) gATCGCTTTCCAGACCGGACCAGGTGGGGCTGGAGATAATTTTACGCGGCTGCGCCTGAATATCGCGAAAGCGAATCTTCTCGTCCTCTTTGTGCAGCGCCAGATGGGTATGTTCGCGCCCGGTGATCTCGCCCAGCGCCTGCCACGCtt > 1:3876588/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |