| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,798,834 | G→A | 34.8% | pseudogene (1060/1476 nt) | arpB → | pseudogene, ankyrin repeats |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,798,834 | 0 | G | A | 34.8% | 261.7 / 215.9 | 204 | pseudogene (1060/1476 nt) | arpB | pseudogene, ankyrin repeats |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (72/61); new base A (33/38); total (105/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACC > CP009273/1798685‑1798983 | cTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACatgatg > 2:4129495/1‑150 (MQ=255) acacCTGTACTTTATATCACCATGTTGTTTGTTTTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATTAATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTATCCATGAAAATACATGATAGTGAGCCa < 1:976823/150‑1 (MQ=255) cacCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAg > 2:3321953/1‑150 (MQ=255) 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atgatgGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAgg > 1:2307246/1‑150 (MQ=255) ggTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAccc > 1:4022934/1‑150 (MQ=255) | CTAACGAAACACCTGGACTTTATATCTCCATGTTGTATGGATTCGATGAAATAATCGATATCTTTCTGAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACC > CP009273/1798685‑1798983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |