| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,867,537 | C→A | 6.9% | R414S (CGT→AGT) | yeaJ → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,867,537 | 0 | C | A | 6.9% | 737.8 / 21.4 | 196 | R414S (CGT→AGT) | yeaJ | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (107/75); new base A (5/9); total (112/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
AGCGGTTGCAGAAACTGGTGCAATCCGGTTCTTCGGTGATGTTTATTGCTATTGACATGGACAAGTTAAAGCAAATAAATGACACCCTCGGTCATCAGGAGGGGGATTTAGCGATTACGTTATTAGCTCAGGCGATTAAACAGTCGATTCGTAAAAGTGATTATGCCATCCGACTCGGTGGCGATGAATTCTGCATCATTCTTGTCGATTCGACGCCGCAAATTGCAGCACAACTGCCTGAACGTATCGAAAAACGTCTGCAACATATCGCGCCGCAGAAAGAGATCGGCTTCTCTTCC > CP009273/1867388‑1867686 | agcGGTTGCAGAAACTGGTGCAATCCGGTTCTTCGGTGATGTTTATTGCTATTGACATGGACAAGTTAAAGCAAATAAATGACACCCTCGGTCATCAGGAGGGGGATTTAGCGATTACGTTATTAGCTCAGGCGATTAAACAGTCGATTc > 1:4556710/1‑150 (MQ=255)agcGGTTGCAGAAACTGGTGCAATCCGGTTCTTCGGTGATGTTTATTGCTATTGACATGGACAAGTTAAAGCAAATAAATGACACCCTCGGTCATCAGGAGGGGGATTTAGCGATTACGTTATTAGCTCAGGCGATTAAACAGTCGATTc > 1:1848149/1‑150 (MQ=255) gTTGCAGAAACTGGTGCAATCCGGTTCTTCGGTGATGTTTATTGCTATTGACATGGACAAGTTAAAGCAAATAAATGACACCCTCGGTCATCAGGAGGGGGATTTAGCGATTACGTTATTAGCTCAGGCGATTAAACAGTCGATTCGTaa < 1:3054243/150‑1 (MQ=255) 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ttCGTAAAAGTGATTATGCCATCCGACTCGGTGGCGATGAATTCTGCATCATTCTTGTCGATTCGACGCCGCAAATTGCAGCACAACTGCCTGAACGTATCGAAAAACGTCTGCAACATATCGCGCCGCAGAAAGAGATCGGCTTCTCtt < 1:1699884/150‑1 (MQ=255) cGTAAAAGTGATTATGCCATCCGACTCGGTGGCGATGAATTCTGCATCATTCTTGTCGATTCGACGCCGCAAATTGCAGCACAACGGCCTGAACGTATCGAAAAACGTCTGCAACATATCGCGCCGCAGAAAGAGATCGGCTTCTCTTcc < 1:626263/150‑1 (MQ=255) | AGCGGTTGCAGAAACTGGTGCAATCCGGTTCTTCGGTGATGTTTATTGCTATTGACATGGACAAGTTAAAGCAAATAAATGACACCCTCGGTCATCAGGAGGGGGATTTAGCGATTACGTTATTAGCTCAGGCGATTAAACAGTCGATTCGTAAAAGTGATTATGCCATCCGACTCGGTGGCGATGAATTCTGCATCATTCTTGTCGATTCGACGCCGCAAATTGCAGCACAACTGCCTGAACGTATCGAAAAACGTCTGCAACATATCGCGCCGCAGAAAGAGATCGGCTTCTCTTCC > CP009273/1867388‑1867686 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |