| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,902,119 | C→A | 5.5% | intergenic (‑271/+399) | yobF ← / ← yebO | DUF2527 family heat‑induced protein/putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,902,119 | 0 | C | A | 5.5% | 552.0 / 11.9 | 146 | intergenic (‑271/+399) | yobF/yebO | DUF2527 family heat‑induced protein/putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/94); new base A (2/6); total (46/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TGCACACTTATGCAACGGAATACGCGCCGATATATCATTGTGCTTAACCTTGCCAGTTCAGGCAGATACTTAAACTGGCGTATTTTCTAACATAGTTCAATAAGTTCAGTTGTTCCAGGCCAGTGGGAGAAGTTATTACATAGTGCGTGCAATATCACATTTTTTGCTATGCAATGAATAAAAAGTTATATCACTTTTTCTCATAAAACAGTCAGTTAACGGCTATTAATTACCCTAAAGAGAAGTCAATCCCCAAAGGGATTGTAAATTTAAAATAAGAAAAATTGATGAATGAGCAA > CP009273/1901970‑1902268 | tGCACACTTATGCAACGGAATACGCGCCGATATATCATTGTGCTTAACCTTGCCAGTTCAGGCAGATACTTAAACTGGCGTATTTTCTAACATAGTTCAATAAGTTCAGTTGTTCCAGGCCAGTGGGAGAAGTTATTACATAgtgcgtgc > 1:4600086/1‑150 (MQ=255)tGCACACTTATGCAACGGAATACGCGCCGATATATCATTGTGCTTAACCTTGCCAGTTCAGGCAGATACTTAAACTGGCGTATTTTCTAACATAGTTCAATAAGTTCAGTTGTTCCAGGCCAGTGGGAGAAGTTATTACATAgtgcgtgc > 2:1297356/1‑150 (MQ=255)tGCACACTTATGCAACGGAATACGCGCCGATATATCATTGTGCTTAACCTTGCCAGTTCAGGCAGATACTTAAACTGGCGTATTTTCTAACATAGTTCAATAAGTTCAGTTGTTCCAGGCCAGTGGGAGAAGTTATTACATAgtgcgtgc > 1:2355537/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |