| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 148,264 | G→T | 6.4% | A152E (GCA→GAA) | yadL ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 148,264 | 0 | G | T | 6.4% | 720.4 / 21.1 | 188 | A152E (GCA→GAA) | yadL | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/82); new base T (7/5); total (101/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
AGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCT > CP009273/148115‑148413 | taGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATTCTGgt > 2:2597099/1‑150 (MQ=255) aGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGgtg > 1:2533269/1‑150 (MQ=255) tttACTTAAATTGGGGCTGGTCCATAAAACTTCCCCCCTGTTAATTTTTTTTGGT‑TTTTTTTTTTTTCCACGACCTGGGGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGtt < 2:2497054/149‑1 (MQ=255) 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tGTAATTGTGGTGGGGCCAAAAAACTCCCCCGCTGTCACTTTTTTTCGTG‑TTTTATTTTTGACCACCCCCGGGGGTCCACTAATCGTATAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTAcaca < 2:903899/150‑1 (MQ=255) gTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAg > 1:4444798/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAg > 2:4467110/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAg > 2:4428731/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAg > 2:1950242/1‑150 (MQ=255) 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tGGAGATTGTTACCTCTTGTGATTCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCAt < 1:4030695/150‑1 (MQ=255) tGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCAt > 1:2357147/1‑150 (MQ=255) gagaTTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTa > 1:1990355/1‑150 (MQ=255) agaTTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAg < 1:4465228/150‑1 (MQ=255) aTTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCa > 1:2026731/1‑150 (MQ=255) ttGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAg > 1:1961645/1‑150 (MQ=255) ttACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTc < 1:401548/150‑1 (MQ=255) tACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTcc > 1:4504773/1‑150 (MQ=255) aCCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTccc > 2:4573306/1‑150 (MQ=255) ctctTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTc < 1:69497/150‑1 (MQ=255) 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tGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGc < 2:3715753/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCt < 2:697652/150‑1 (MQ=255) | AGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGG‑TTTTATTTTTTTCCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAACCATTTGCAAACCCCGCACCGTCATTAGCAGTTCCCTCGCATGTGGCT > CP009273/148115‑148413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |