Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,951,127 | C→A | 14.8% | A46A (GCG→GCT) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,951,127 | 0 | C | A | 14.8% | 1090.8 / 117.7 | 341 | A46A (GCG→GCT) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (149/140); new base A (17/34); total (166/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCT > CP009273/1950978‑1951276 | cGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCg < 1:620026/150‑1 (MQ=255) gagaTAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGc > 2:830815/1‑150 (MQ=255) tttCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGt > 1:3116072/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |