| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,139,910 | G→T | 92.4% | R1055L (CGA→CTA) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,139,910 | 0 | G | T | 92.4% | 860.6 / 57.1 | 278 | R1055L (CGA→CTA) | yegE | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/9); new base T (133/124); total (145/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GCCAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCGA > CP009273/2139763‑2140056 | ccAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACt < 1:440077/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGACTATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTc > 1:936191/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTc < 1:320055/150‑1 (MQ=255) tGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGa > 2:3714650/1‑150 (MQ=255) tGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGa > 1:4336461/1‑150 (MQ=255) gggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGAt > 2:1335535/1‑150 (MQ=255) gggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGAt > 2:732400/1‑150 (MQ=255) gggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGAt > 1:4485334/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATg > 1:1170866/1‑150 (MQ=255) cgcgATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGaaa > 1:3736040/1‑150 (MQ=255) cgcgATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGaaa > 2:617845/1‑150 (MQ=255) tGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCg > 1:1833182/1‑150 (MQ=255) tGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCg < 1:4087568/150‑1 (MQ=255) cAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGcc > 1:2709023/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCgg > 1:2134553/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCgg > 1:2135090/1‑150 (MQ=255) aaTCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCgg < 2:115800/150‑1 (MQ=255) aaTCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCgg < 1:3864544/150‑1 (MQ=255) aaTCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCgg < 1:3826735/150‑1 (MQ=255) cTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGcc < 1:2264124/150‑1 (MQ=255) aCTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCg < 2:271411/150‑1 (MQ=255) aCTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCg > 1:4188192/1‑150 (MQ=255) cTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTa > 1:39336/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTAcc > 2:2441877/1‑150 (MQ=255) aGCTAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCtt > 2:1199266/1‑150 (MQ=255) aGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCtt < 2:1821928/150‑1 (MQ=255) aGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCtt > 2:4036337/1‑150 (MQ=255) cGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAg > 1:3110988/1‑150 (MQ=255) atGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATg < 1:4772356/150‑1 (MQ=255) cAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATa > 1:3496087/1‑150 (MQ=255) cAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATa < 1:1659218/150‑1 (MQ=255) aGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGTTGGATAc > 2:44578/1‑150 (MQ=255) aGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATAc > 2:3090060/1‑150 (MQ=255) 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ggCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTCAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGtt < 2:1769988/150‑1 (MQ=255) gCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTa < 2:2643318/150‑1 (MQ=255) gCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTa < 2:1846203/150‑1 (MQ=255) gCACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTAACCTTAGTGATGGATACGCATTCTTGCAACGGCGGCGATCGGTTTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCCCTGGATTTGCTGGTGAAAAGTAGTTa > 1:1091810/1‑150 (MQ=255) cACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTAt < 1:2838819/150‑1 (MQ=255) cACGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTAt < 2:1170866/150‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTAACCGTATTGATGGATAAGCGTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATTGTGAGGTGATTTCCGATGGCCAACCCCAGGATTTTCTGGTGAATAGTAGTTAtt > 1:634673/1‑150 (MQ=255) aCGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTAtt < 2:3730250/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTAACCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGGTCTGATTTATGGTGTGGTGTTTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGTATAGTAGTTAttt > 1:1811434/1‑150 (MQ=255) cTCAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTcg > 2:1932222/1‑150 (MQ=255) cAGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTcgcg > 2:2201595/1‑150 (MQ=255) aGCTACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCGa > 2:2765731/1‑150 (MQ=255) | GCCAGGTGGGCCGCGATCTGCAAATCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACGTGCAGGGTAATTTGATGGATGAGATGCTGATTACGATTATTCAGGGGCACGCTCAGCGACTCGGGATGAAAACCATCGCCGGGCCAGTCGTTTTACCCTTAGTGATGGATACGCTTTCTGGCATCGGCGTCGATCTGATTTATGGTGAGGTGATTGCCGATGCCCAACCGCTGGATTTGCTGGTGAATAGTAGTTATTTCGCGA > CP009273/2139763‑2140056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |