| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 176,783 | G→T | 49.9% | D354Y (GAT→TAT) | dgt → | deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 176,783 | 0 | G | T | 49.9% | 69.4 / 293.7 | 194 | D354Y (GAT→TAT) | dgt | deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/53); new base T (46/51); total (90/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAAT > CP009273/176637‑176924 | gTTCGCTCCTTTCGCTGGTGGTTGAAAAGGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTACTGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTtata < 2:2055012/150‑1 (MQ=255) tCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTTATAAt > 2:4140150/1‑150 (MQ=255) cGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTTATAATc > 2:3425877/1‑150 (MQ=255) ctTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGATAATctgcc 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gATTTATTTATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAAt > 1:2974086/1‑150 (MQ=255) | GTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAAT > CP009273/176637‑176924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |