Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,407,678 | T→A | 28.5% | S244T (TCT→ACT) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,407,678 | 0 | T | A | 28.5% | 705.5 / inf | 393 | S244T (TCT→ACT) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (151/130); new base A (64/48); total (215/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
CAAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTAC > CP009273/2407529‑2407827 | aaaTGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTg < 2:4135085/150‑1 (MQ=255) cTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGat < 2:1319617/150‑1 (MQ=255) cAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGa > 1:2687614/1‑150 (MQ=255) aaaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGAt < 2:1610832/150‑1 (MQ=255) aaCCGGTAGAAGAACTGAACCTCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATc < 2:3535974/150‑1 (MQ=255) aaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATc < 1:4192451/150‑1 (MQ=255) aaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATc < 2:2603004/150‑1 (MQ=255) ccGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCg > 1:4430227/1‑150 (MQ=255) ccGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCg < 1:1422138/150‑1 (MQ=255) cGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCgg < 1:1796030/150‑1 (MQ=255) ggTAGAGGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGc > 1:1659646/1‑150 (MQ=255) gTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCg < 1:4721876/150‑1 (MQ=255) tAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGa < 2:1015826/150‑1 (MQ=255) agaagaACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCCATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGat > 2:1843189/1‑150 (MQ=255) gaagaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTATATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGatc < 2:2945467/150‑1 (MQ=255) gaagaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatc > 2:4185812/1‑150 (MQ=255) aagaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatca > 2:2033905/1‑150 (MQ=255) aCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCtt < 2:4762927/150‑1 (MQ=255) 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aCATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCCATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCAcc < 2:3428986/150‑1 (MQ=255) catcatCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCt < 2:1720468/150‑1 (MQ=255) atcatcACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTg < 1:336543/150‑1 (MQ=255) atcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCAc < 1:2223256/150‑1 (MQ=255) tcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACg > 1:451248/1‑150 (MQ=255) caCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGa > 2:61793/1‑150 (MQ=255) cTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGacac > 1:482949/1‑150 (MQ=255) ccACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCt > 1:660964/1‑150 (MQ=255) ccACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCt < 2:687825/150‑1 (MQ=255) ccACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCt < 1:2201781/150‑1 (MQ=255) ccACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCt > 1:3794111/1‑150 (MQ=255) cACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTg > 2:3084983/1‑150 (MQ=255) tGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCa > 1:4488612/1‑150 (MQ=255) tGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCa > 2:381819/1‑150 (MQ=255) tGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCa > 2:3807935/1‑150 (MQ=255) 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tttCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATca > 1:2907641/1‑150 (MQ=255) tttCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATca > 1:3074671/1‑150 (MQ=255) tttCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATca > 2:2413030/1‑150 (MQ=255) ttCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATcaa > 1:326371/1‑150 (MQ=255) ttCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATcaa > 1:1741791/1‑150 (MQ=255) cTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATcaaca > 2:1934849/1‑150 (MQ=255) cTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATcaaca > 2:4467158/1‑150 (MQ=255) cTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAAc < 1:1374716/150‑1 (MQ=255) aTCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAActg < 1:1732323/150‑1 (MQ=255) aTCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAActg < 1:2284349/150‑1 (MQ=255) 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tGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAg > 1:4410673/1‑150 (MQ=255) cccGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGAc < 2:393263/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAg < 1:61793/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGc < 1:2074679/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGc > 1:121835/1‑150 (MQ=255) 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cccGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACa > 1:4041540/1‑150 (MQ=255) tCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTAc < 1:4099790/150‑1 (MQ=255) | CAAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTAC > CP009273/2407529‑2407827 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |