| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,598,312 | C→A | 6.6% | A48E (GCG→GAG) | hyfD → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,598,312 | 0 | C | A | 6.6% | 1090.1 / 34.2 | 293 | A48E (GCG→GAG) | hyfD | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (141/132); new base A (10/10); total (151/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
ACGGAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGG > CP009273/2598163‑2598461 | aCGGAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTGGTTTTAGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGGTTTGTTTGCCGCGCTGACCACGCGGTGGATTTTGTCACTTATATAcgc > 2:411937/1‑150 (MQ=255) ggAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTATCCACAACGACGGGCCGCCGCATGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCTGACCACCCAGTGCATGTTTTCACTGATCTCCGCGt > 1:1697145/1‑150 (MQ=255) ggAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGGTTTCGCCACAACCGCGGGCCGCCCACTGGGGGGTTTTTTTCGCCGCCCGGACCACCCGGTGCATGGTGTCACAGAACTCCGCGt > 1:3285677/1‑150 (MQ=255) gAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGtt < 1:457318/150‑1 (MQ=255) atatGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGtttt < 1:1228993/150‑1 (MQ=255) tGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCCCGCTGTGCATGTTGTCACAGATCTCCGCGGTTTATc > 2:3281711/1‑150 (MQ=255) ggAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCa < 2:1998254/150‑1 (MQ=255) gAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAg > 2:2780375/1‑150 (MQ=255) aaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTGGCCGCGCTGACCACGCGGTGGCTGTTGTCACTGATATCCGAGTTTTATAATGcc > 2:4012671/1‑150 (MQ=255) aaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGcc < 2:3884989/150‑1 (MQ=255) aaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTGGTTTTAGCCACAAACTCGGGCCGCCCCAAGGGGGGTTTTGTTAGCCGCGCTGACCACCCTGTGCATGTTGTAACAGATATACGCGGTTTTTAAGGcc > 1:4113077/1‑150 (MQ=255) aaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTCGCCACAAAGTCGGGCCGCCGGATGGGGGGTTTTGTTAGCCGCGCAGACCACGCTGTGGATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATAAGGcc > 1:1810374/1‑150 (MQ=255) tCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGGTTTGTTCGCCGCGCAGACCACGCTGTGCCTCGTGTCACAGCTCTCCCCGTGTTATCAGGCCGa > 2:1659724/1‑150 (MQ=255) cTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAGCCACAAACTCCGGCCGCCGAAAGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCTGACCACGCAGTGCATGTTGTCACTGATATCCGCGTTTTATCAAGCCCAt > 1:2506747/1‑150 (MQ=255) ttGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTAGCCGCGCAGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATa > 2:2942732/1‑150 (MQ=255) tGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGGGTTATCAGGCCGATaa > 2:801720/1‑150 (MQ=255) gCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATaaa > 2:1112145/1‑150 (MQ=255) tctGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTAGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGt > 2:1887143/1‑150 (MQ=255) tGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGGCGTTTTCGCCACAACCGCGGGCCGCCGCATGGGGGGTTTTTTTCGCCGCGCTGACCACCCGGTGCATTTTGTGACAGATCTCCGCGGTTTATAAGGCCGATAAAATTg > 1:4608661/1‑150 (MQ=255) cgacgTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTAGCCACAAAGTCGGGCCGCCCCAAGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCAGACCACGCTGTGCATGGTGTCACATATATCCGCGGTTTATAAGGCCGATAAATTTGCCg > 1:2201783/1‑150 (MQ=255) gacgTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCTGAACACGCTGTGCATTTTGTCACAGATCTCCGCGTTTTATAAGGCCGATAAAGTTGCCGt > 1:2334908/1‑150 (MQ=255) gacgTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGt > 2:379934/1‑150 (MQ=255) gacgTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAGCCACAAACTCGGGCCGCCCAAAGGGGGGTTTTGTTCGCCCCGCAGAACACGCAGTGCATGTTGTCACTGATCACCCCGGTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGt > 1:1164244/1‑150 (MQ=255) gTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCac < 1:4480873/150‑1 (MQ=255) gTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACCTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATATCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCac > 2:3049113/1‑150 (MQ=255) ttATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacg < 2:3876451/150‑1 (MQ=255) ttATTGCTGCCTTATATCGGCGCACTGGTCGTTTCGGTTTCGCCACAACCTCGGGCCCCCCAAAGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCAGTGCAAGTTGTCACTGATCAACCCCGTTTATCAGGCCGAGAAACATGCCGTCacc > 2:3589661/1‑149 (MQ=255) tATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTAGGTTTCGCCACAACCTCGGGCCGCCGCATGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCGGGCCACCCAGTGCGTGTTGTCACCTATCTCCGCGTTTTTTAAGGCCGATAAATTTTCCGTCaccg > 1:4228487/1‑148 (MQ=255) tgctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgttga < 2:3372186/150‑1 (MQ=255) gctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgttgac < 2:4700570/150‑1 (MQ=255) gctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgttgac < 1:637401/150‑1 (MQ=255) gctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTAGGTTTAGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTTTTAGCCCCCCAGACCACGCGGTGCCTGTTGTCACAGATAACCGCGTTTTATAAAGCCGAAAAAATTTCCCTCacagtgaa > 1:4326692/1‑144 (MQ=255) gcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgttgacgtt < 1:3793931/150‑1 (MQ=255) ccTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCTGACCACGCAGTGCATGTTGTCACTGATATCCGCGTTTTATAAGGCCGATAAATTTGCCGTCacgttgtcgttg > 1:706711/1‑150 (MQ=255) tttATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAGCCCCAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACAGATCTCCGCGTTTTATAAGGCCGATAAAGTTGCCGTCAAGGTGAACTTGGTc > 2:706530/1‑150 (MQ=255) tATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCaa < 1:444734/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACg < 1:2605057/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGGTTTATCAGGCCGATAAAGTTTCCGTCACGTTGACCTTGGTCaaag > 2:2515261/1‑148 (MQ=255) 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atCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTgg > 1:2332223/2‑150 (MQ=255) tCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGc < 1:2036947/150‑1 (MQ=255) gCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCt > 1:3561345/1‑150 (MQ=255) ccACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTg < 1:1544319/150‑1 (MQ=255) cacaACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTgg < 2:3352311/150‑1 (MQ=255) 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tctcCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACt < 2:4460147/150‑1 (MQ=255) ccGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTGTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCa > 2:2418478/1‑150 (MQ=255) | ACGGAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGCCACAACGTCGGGCCGCCGAATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTCCACGG > CP009273/2598163‑2598461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |