| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,683,707 | G→T | 7.9% | H251N (CAT→AAT) | glrK ← | sensor protein kinase regulating glmY sRNA in two‑component system with response regulator GlrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,683,707 | 0 | G | T | 7.9% | 824.0 / 9.2 | 249 | H251N (CAT→AAT) | glrK | sensor protein kinase regulating glmY sRNA in two‑component system with response regulator GlrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/131); new base T (27/2); total (116/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ATTGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGACGGTTGATCATGCGCTCGATATTTTTCA > CP009273/2683558‑2683856 | aTTGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATg < 2:2943662/150‑1 (MQ=255)aTTGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATg < 2:554847/150‑1 (MQ=255)aTTGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTAATTATATAAATTTCTTAAAAATTGATg > 1:717231/1‑150 (MQ=255) ttGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATgg < 1:1090140/150‑1 (MQ=255) tGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGc < 2:3262619/150‑1 (MQ=255) gctgctgctATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTg < 1:2863326/150‑1 (MQ=255) tgctATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGAtt < 1:3824462/150‑1 (MQ=255) aTCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAg < 1:3133982/150‑1 (MQ=255) aaGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCa > 1:4769267/1‑150 (MQ=255) aGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTAATTAGATAAATGTATTAAAAATTTATGGAGTTTGGATTACAGCCAt > 1:1009111/1‑150 (MQ=255) aaTGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCAAGAGATAAAAGTCTTAAAAATTGAAGGCGTTGGGATTCCAGCCAtta > 1:1861843/1‑148 (MQ=255) cTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAgg < 2:287934/150‑1 (MQ=255) cTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAgg < 2:1584031/150‑1 (MQ=255) caccacCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGgcg < 2:4579538/150‑1 (MQ=255) caccacCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTAAATAGATAAATTTATTAAAAATTTATTGCGTTGGGTTTCCAGCCAAGAAAGgcg > 1:146368/1‑150 (MQ=255) ccaccTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCt < 2:3906507/150‑1 (MQ=255) accTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCa < 2:626929/150‑1 (MQ=255) accTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCa > 2:3119240/1‑150 (MQ=255) 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aaaaaTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCg < 2:493355/150‑1 (MQ=255) aaaaTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGa > 2:4484116/1‑150 (MQ=255) aaaaTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGa > 2:3819062/1‑150 (MQ=255) aaaaTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGa > 2:2914613/1‑150 (MQ=255) aaaTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGat > 2:4625100/1‑150 (MQ=255) aaaTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGat < 1:360646/150‑1 (MQ=255) aTTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGatat > 1:333670/1‑150 (MQ=255) ttGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGATAtt > 1:3270175/1‑150 (MQ=255) tGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCTCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGATAttt < 1:4485670/150‑1 (MQ=255) tGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGATAttt > 2:2523818/1‑150 (MQ=255) tGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGATATTTTTc > 2:2787688/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGAAGGTTGATCATGCGCTCGATATTTTTCa > 2:2092869/1‑150 (MQ=255) | ATTGCGGCTGCTGCTATCAAGAATGCTCACCACCTCTTTTTGCTCTGGCGTAAGCGGCCCGACAACCTGGTCAGCCAGTAATTCAGTGCCCTCGCGCATACTCGCCAGTGGCGTTTTTAATTCATGAGATAAATGTCTTAAAAATTGATGGCGTTGGGATTCCAGCCATGACAGGCGCTCACTTAACCAAAGAATACGTTGCCCAACCGAGCGTAACTCGCTCGGTCCACTGAACGAGACGCTATTGCCCAGAGAACGCCCTTCCCCCAGACGGTTGATCATGCGCTCGATATTTTTCA > CP009273/2683558‑2683856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |