| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,808,646 | G→T | 9.8% | R385S (CGC→AGC) | gshA ← | glutamate‑cysteine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,808,646 | 0 | G | T | 9.8% | 1093.5 / 57.3 | 303 | R385S (CGC→AGC) | gshA | glutamate‑cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/148); new base T (12/19); total (136/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
ATCACACACTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGAACGGGT > CP009273/2808497‑2808795 | atcaCACACTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCg > 1:2450125/1‑150 (MQ=255) cacacaCTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCTAc > 1:757454/1‑150 (MQ=255) acacacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGAcc < 2:1809469/150‑1 (MQ=255) cacacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCt < 1:942470/150‑1 (MQ=255) acacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCtt > 1:2239124/1‑150 (MQ=255) cacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTc < 2:2417881/150‑1 (MQ=255) cacTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTGAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTc > 1:1596419/1‑150 (MQ=255) acTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCg > 1:4452536/1‑150 (MQ=255) cgttCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGa < 2:2316616/148‑1 (MQ=255) cTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCTACCTTCGa > 2:321504/1‑150 (MQ=255) tCTGAGACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGa < 2:3679817/150‑1 (MQ=255) cTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGAt > 1:3162400/1‑150 (MQ=255) tGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCTACCTTCGAGGATc > 2:3849122/1‑150 (MQ=255) aTACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCTACCTTCGAGGATCAc < 2:219396/150‑1 (MQ=255) cTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGt < 1:4629672/150‑1 (MQ=255) cTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGt > 2:3900029/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTc < 2:577781/150‑1 (MQ=255) cgccgcCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTcc < 2:2534959/150‑1 (MQ=255) cgccgcCGTTAATACAATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTcc > 1:3467409/1‑150 (MQ=255) gccgccGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCa < 2:4216273/150‑1 (MQ=255) gccgccGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCa < 1:1822998/150‑1 (MQ=255) gccgccGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCa > 1:1365201/1‑150 (MQ=255) ccgccgTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAg < 2:1669111/150‑1 (MQ=255) gccgTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGtt < 1:3003702/150‑1 (MQ=255) ccgTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTa < 2:2374114/150‑1 (MQ=255) aTACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCgt < 2:2429725/150‑1 (MQ=255) tATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTAc > 1:595054/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAg < 2:3294350/150‑1 (MQ=255) aGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCa > 2:491756/1‑150 (MQ=255) tttGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGtt < 1:667906/150‑1 (MQ=255) cgcgACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCt < 1:3220866/150‑1 (MQ=255) cgACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTAc > 1:1038819/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCTACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACt < 1:4289525/149‑1 (MQ=255) 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ccAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTa < 2:1658963/150‑1 (MQ=255) cAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTac > 1:3421016/1‑150 (MQ=255) gCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTacac < 1:4487042/150‑1 (MQ=255) gTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCa > 1:1731779/1‑150 (MQ=255) cAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAAt > 1:1104246/1‑150 (MQ=255) cAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAAt < 1:2371894/150‑1 (MQ=255) aGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATc < 1:1691203/150‑1 (MQ=255) aGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATc < 1:4638843/150‑1 (MQ=255) cccGGTTTGCTACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGc > 2:3478764/1‑150 (MQ=255) cccGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGc > 1:4146594/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCg > 1:3267817/1‑150 (MQ=255) cGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCga < 2:2766197/150‑1 (MQ=255) cGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCga < 2:1631902/150‑1 (MQ=255) ggTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCgag > 2:1227312/1‑150 (MQ=255) gTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTACCGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCgaga < 2:3170932/150‑1 (MQ=255) tttGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGaa < 2:2830643/150‑1 (MQ=255) cGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGAACggg > 2:628568/1‑150 (MQ=255) | ATCACACACTTTCTGATACGCTTCGCCGCCGTTAATACTATCCAGCGTTTGCGCGACGCGTTTCAGATCGCGGAACAGATCTTTACCCACCTGCGGTAACGGGAACTGTGCGGTTTCGCAGCCGATACCCAGCGTCAGACCCGGTTTGCGACCTTCGAGGATCACCCGGTTCCAGTTAACGCGTGTACAGGCAAGTTCGCTACTGCTCATTTCCGGTGCATCAGCCAGCGCACACCAGACCATAAACAGGTCGAGGAATCGCACCTGCTGTTCATCTACACCAATCGGCGAGAACGGGT > CP009273/2808497‑2808795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |