Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,876,760 | C→T | 100% | G246G (GGG→GGA) | casA ← | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,876,760 | 0 | C | T | 95.3% | 898.0 / 23.4 | 255 | G246G (GGG→GGA) | casA | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/6); new base T (127/116); total (133/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CCTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTG > CP009273/2876615‑2876906 | ccTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCaa > 2:2306662/1‑150 (MQ=255) tCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATg > 1:192868/1‑150 (MQ=255) cAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATgg > 1:1882058/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATggg > 2:4379132/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATggg > 2:1526035/1‑150 (MQ=255) ccTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGAt > 2:2907222/1‑150 (MQ=255) cccTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCa > 1:3886682/1‑150 (MQ=255) cccTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCa < 1:1574271/150‑1 (MQ=255) cTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATa < 1:2289105/150‑1 (MQ=255) tttCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATaa > 2:4071250/1‑150 (MQ=255) tCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAAtt > 1:554949/1‑150 (MQ=255) tCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAAtt > 2:3100360/1‑150 (MQ=255) cTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTc > 2:1728191/1‑150 (MQ=255) gACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAat > 1:3237798/1‑150 (MQ=255) gACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAat > 2:2005620/1‑150 (MQ=255) gACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAat < 2:2514346/150‑1 (MQ=255) tGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATg > 2:394233/1‑150 (MQ=255) ttACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATgcg < 1:2151936/150‑1 (MQ=255) tACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATgcgc < 1:4561459/150‑1 (MQ=255) ccAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTg < 1:4406483/150‑1 (MQ=255) aGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGt > 2:4636660/1‑150 (MQ=255) aGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGt > 1:983490/1‑150 (MQ=255) gACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGtt < 1:3832335/150‑1 (MQ=255) aaGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGcc > 1:3421482/1‑150 (MQ=255) aGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCa < 2:2570797/150‑1 (MQ=255) ggggAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAg < 2:3011113/150‑1 (MQ=255) ggggAATGCGGATGGGGCCAGAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAg < 2:3688499/150‑1 (MQ=255) ggAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGaa < 1:2082029/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATa < 2:3244909/150‑1 (MQ=255) aaTGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATa > 2:4255657/1‑150 (MQ=255) gATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCAc < 2:2995306/150‑1 (MQ=255) gATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCAc < 2:917675/150‑1 (MQ=255) tGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACgg < 2:722178/150‑1 (MQ=255) gggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGAc < 1:837441/150‑1 (MQ=255) ggCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACa > 2:3887766/1‑150 (MQ=255) gCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACaa < 1:1414033/150‑1 (MQ=255) cATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAAc < 2:573387/150‑1 (MQ=255) tAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAAccc < 1:2907222/150‑1 (MQ=255) cccATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAAt > 1:308188/1‑150 (MQ=255) cccATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAAt > 1:4422682/1‑150 (MQ=255) ccATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAAtt < 2:565067/150‑1 (MQ=255) cATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTg > 2:641984/1‑150 (MQ=255) cATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTg < 1:1526035/150‑1 (MQ=255) aTTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGa < 1:1732403/150‑1 (MQ=255) tAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACg > 2:1422052/1‑150 (MQ=255) tAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACg < 1:3556900/150‑1 (MQ=255) tAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAg > 1:3382030/1‑150 (MQ=255) tAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAg > 1:2511504/1‑150 (MQ=255) aaaGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAgg > 1:3264571/1‑150 (MQ=255) aaaGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAgg > 2:117909/1‑150 (MQ=255) aaaGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAgg > 1:1501447/1‑150 (MQ=255) aaaGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAgg < 2:1607981/150‑1 (MQ=255) aGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGta < 2:2115762/150‑1 (MQ=255) tAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAg < 1:4254408/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGAc < 2:2664021/150‑1 (MQ=255) aTTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACt < 1:1228303/150‑1 (MQ=255) ttttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCa > 1:1012306/1‑150 (MQ=255) tttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCAt < 1:2195812/150‑1 (MQ=255) tttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCAt < 2:4786837/150‑1 (MQ=255) tttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCAt < 1:458734/150‑1 (MQ=255) ttCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCAtt < 1:3486770/150‑1 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACt > 2:159197/1‑150 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACt < 2:401143/150‑1 (MQ=255) tAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACt < 1:4636660/150‑1 (MQ=255) gAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGa > 2:1462002/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGAt < 2:4161633/150‑1 (MQ=255) aaCCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAg > 2:1702741/1‑150 (MQ=255) ccGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGt > 1:1642322/1‑150 (MQ=255) cGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGtt > 2:2251378/1‑150 (MQ=255) gTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTa < 2:1575342/150‑1 (MQ=255) gTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTa < 2:3548921/150‑1 (MQ=255) gTATAACGCAAATTGCTGTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTa < 2:4699951/150‑1 (MQ=255) cGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAg < 2:3492381/115‑1 (MQ=255) cGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCag > 1:1123557/1‑150 (MQ=255) aaTTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCaggtag < 2:1196027/150‑1 (MQ=255) aaTTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCaggtag < 2:3608009/150‑1 (MQ=255) aaTTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCaggtag < 2:2140371/150‑1 (MQ=255) ttGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCaggtaggt < 2:1091320/150‑1 (MQ=255) cTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttgg < 2:1650208/150‑1 (MQ=255) ttCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttggtt < 2:4233671/150‑1 (MQ=255) ttCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAggttggtt > 1:4753236/1‑150 (MQ=255) cTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTAGTTTTc > 2:155727/1‑150 (MQ=255) gTCCACAGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCg < 1:2321370/150‑1 (MQ=255) cacaGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAt < 2:2195540/150‑1 (MQ=255) acaGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtg < 1:3100360/150‑1 (MQ=255) aGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgtg > 1:3670662/1‑150 (MQ=255) aGCAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTAtgtg > 1:178102/1‑150 (MQ=255) cAAGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAt < 2:2755441/150‑1 (MQ=255) aaGAACATTTACCAATTCCCATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt < 2:1705900/150‑1 (MQ=255) aaGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt < 2:811681/150‑1 (MQ=255) aaGAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGAtt < 2:3197938/150‑1 (MQ=255) gAACATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCa > 2:3220177/1‑150 (MQ=255) aaCATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAt > 1:2676156/1‑150 (MQ=255) aaCATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAt > 1:284879/1‑150 (MQ=255) aaCATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAt > 1:4099666/1‑150 (MQ=255) aCATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCAtt < 1:4767756/150‑1 (MQ=255) cATTTACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTa < 2:3288658/150‑1 (MQ=255) tACCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGaa > 1:1285270/1‑150 (MQ=255) aCCAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGaaa < 2:2511504/150‑1 (MQ=255) ccAATTCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAAt > 2:2643468/1‑150 (MQ=255) | CCTCAACCTCCCCTTTCTTGACTGTTACCAGACAAGGGGAATGCGGATGGGGCCATAGCCCATTAACTGTAAAGGTAAATTTTTCCTTAAGAAAACCGGTATAACGCAAATTGCTTTCCTGTCCACAGCAAGAACATTTACCAATCCCAATGGGATCGCATAATTCAATATGCGCTGGTTGCCAGAATAGACCACGGACAAACCCAATTGACGAAGCAGGTATAGACTCATTGGACTTGATAGGTTTAATCCAGGTAGGTTGGTTTTCCGTATGTGATTCATTAGGAAATTG > CP009273/2876615‑2876906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |