Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,017,285 | G→T | 92.5% | D871Y (GAC→TAC) | xdhD → | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,017,285 | 0 | G | T | 92.5% | 933.5 / 63.0 | 307 | D871Y (GAC→TAC) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/18); new base T (136/148); total (141/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ACACGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATGACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGGTGTA > CP009273/3017139‑3017434 | acacGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACg < 1:1813397/150‑1 (MQ=255) cgTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGaa < 1:3299120/150‑1 (MQ=255) gTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGAAg > 2:4317112/1‑150 (MQ=255) gTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGAAg > 2:112839/1‑150 (MQ=255) gTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATGACGCCGAAg < 1:1254134/150‑1 (MQ=255) gTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCAGTTATTACGCCGAAg > 2:4620187/1‑150 (MQ=255) tACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGAAgg > 2:3880598/1‑150 (MQ=255) tACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCATTTATTACGCCGAAgg < 2:3829380/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |