Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,044,281 | G→A | 26.5% | intergenic (‑255/+193) | gcvT ← / ← ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,044,281 | 0 | G | A | 26.5% | 244.3 / 96.1 | 129 | intergenic (‑255/+193) | gcvT/ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/52); new base A (14/20); total (56/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TTTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGG > CP009273/3044132‑3044426 | tttGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAg < 2:1285840/150‑1 (MQ=255) tttGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAg < 2:3697370/150‑1 (MQ=255) aaCTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTg > 1:1803215/1‑150 (MQ=255) 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tataCAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGaaa > 1:2961882/1‑150 (MQ=255) taCAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt > 1:3957544/1‑150 (MQ=255) taCAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAt > 2:1265913/1‑150 (MQ=255) aaaGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAAtctc > 1:1889418/1‑150 (MQ=255) aGATTATGTTATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGACAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTccc < 1:585193/150‑1 (MQ=255) 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tgaCAAAATAAATTTTAATAAGACAATATAAACAGCAAAAAAACTGACAAAAAACACTAAAACAAAAAATAATGCCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAAc < 1:839216/150‑1 (MQ=255) gaAAATCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCgg < 1:3367151/150‑1 (MQ=255) | TTTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCTAAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGG > CP009273/3044132‑3044426 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |