Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,049,645 | G→A | 22.6% | E16K (GAA→AAA) | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,049,645 | 0 | G | A | 22.6% | 651.1 / 182.7 | 289 | E16K (GAA→AAA) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (115/107); new base A (35/30); total (150/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACTTATCCCCCGGTGGTGATGGCACATACGGTCGCTGTATTCCTCTCTTTTGATGGCGAACTCGACACCCAGCCACTCATAGAACAACTCTGGCGCGCCGGTAAGCGCGTATATCTT > CP009273/3049496‑3049794 | tACAGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAgg > 2:3455901/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGaaaa > 2:791302/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGaaa > 2:1095003/1‑150 (MQ=255) aGCCTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGaaa > 2:2938364/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCGGCATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATgg < 1:2729915/150‑1 (MQ=255) cggcATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTcaac > 1:2898704/1‑150 (MQ=255) ggcATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTcaaca > 1:2006415/1‑150 (MQ=255) ggcATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTcaaca > 1:2300783/1‑150 (MQ=255) gcATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTcaacaa > 2:2242532/1‑150 (MQ=255) gcATCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTcaacaa > 2:3351367/1‑150 (MQ=255) aTCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGACATGGGTCAACAAGc > 1:1047638/1‑150 (MQ=255) aTCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGc > 2:2849561/1‑150 (MQ=255) aTCTCGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGc > 2:1575476/1‑150 (MQ=255) ctcGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCg > 2:676038/1‑150 (MQ=255) cGGAGATTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCt > 1:3627415/1‑150 (MQ=255) gagaTTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTAc > 2:3403569/1‑150 (MQ=255) gagaTTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGAAAATGGGTCAACAAGCCGCTAc < 2:1203145/150‑1 (MQ=255) agaTTCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGAAAATGGGTCAACAAGCCGCTAcc > 2:4112167/1‑150 (MQ=255) ttCCCTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATGATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCgg > 1:3006478/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGgatg > 1:4523337/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGgatg < 2:1522516/150‑1 (MQ=255) tATCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACAAGCCGCTACCCGGATGATGACt < 1:2773509/150‑1 (MQ=255) tCTGGCACCAGCCATGACGCAACTACCAGAACTCCCACTGACATTATCCCGACAAGAAATCCGCAAAATGATTCGGCAACGTCGTCGTGCGTTAACGCCGGAACAACAGCAGGAAATGGGTCAACACGCCGCTACCCGGATGATGACTTa > 2:3378942/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |