Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,162,420 | G→T | 15.5% | V57V (GTC→GTA) | ygiV ← | transcriptional repressor for mcbR biofilm gene |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,162,420 | 0 | G | T | 15.5% | 1143.6 / 138.3 | 361 | V57V (GTC→GTA) | ygiV | transcriptional repressor for mcbR biofilm gene |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/182); new base T (28/28); total (151/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
TCGCCAACGTGGCGGGCCACGGCATAACGTCCACCGGTAAGTTCACCATTGCTCACACCATAACGATTATCGGGAATCGGTTCGCTAACGCTGCCGCAGATATCAAAGCGAAACGCTTCCGGTGCGGTGGTGGCAGGGTCGTCCCAGGCGACGCCAAAAGTCTGGCTTTGGTTAACAGGAGAAAGCCCCGTCTCTTTACGCCACATGATAAATTTCGCCACGCTGTAGTTGAGCAATTCAGGGCTACAGCGGTGCGGCAACATCGCCACAGGTATTGATGGGAAATCGATAATGTTTAC > CP009273/3162271‑3162569 | tCGCCAACATGGCGGGCCACGGCATAACGTCCACCGGTAAGTTCACCATTGCTCACACCATAACGATTATCGGGAATCGGTTCGCTAACGCTGCCGCAGATATCAAAGCGAAACGCTTCCGGTGCGGTGGTGGCAGGGTCGTCCCAGGCg > 1:143903/1‑150 (MQ=255) cGCCAACGTGGCGGGCCACGGCATAACGTCCACCGGTAAGTTCACCATTGCTCACACCATAACGATTATCGGGAATCGGTTCGCTAACGCTGCCGCAGATATCAAAGCGAAACGCTTCCGGTGCGGTGGTGGCAGGGTCGTCCCAGGCGa > 2:3170080/1‑150 (MQ=255) gCCAACGTGGCGGGCCACGGCATAACGTCCACCGGTAAGTTCACCATTGCTCACACCATAACGATTATCGGGAATCGGTTCGCTAACGCTGCCGCAGATATCAAAGCGAAACGCTTCCGGTGCGGTGGTGGCAGGGTCGTCCCAGGCGAc > 1:129767/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |