Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,164,230 | C→A | 44.6% | R130S (CGT→AGT) | qseC → | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,164,230 | 0 | C | A | 44.6% | 240.0 / inf | 325 | R130S (CGT→AGT) | qseC | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (109/71); new base A (81/64); total (190/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATCATGATG > CP009273/3164082‑3164379 | gTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGt > 2:3256496/1‑150 (MQ=255) gTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGt > 1:3321422/1‑150 (MQ=255) gTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGt > 1:1320407/1‑150 (MQ=255) gatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGtttt > 2:425148/1‑150 (MQ=255) gatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGtttt < 2:1307129/150‑1 (MQ=255) gatgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGtttt > 1:411849/1‑150 (MQ=255) atgaCGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTg > 1:473145/1‑150 (MQ=255) cGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTg > 1:2368353/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGa > 2:2272444/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAAGGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGa < 2:3569872/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGAt < 1:1639593/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGAt < 1:2640938/150‑1 (MQ=255) gcTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGAc > 2:1191024/1‑150 (MQ=255) 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aGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCgttgtt > 2:458672/1‑150 (MQ=255) gAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGttgttg > 2:4316313/1‑150 (MQ=255) aaTGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTgg > 1:1032848/1‑150 (MQ=255) aTGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGc > 1:2725552/1‑150 (MQ=255) ggTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCa < 1:153762/150‑1 (MQ=255) 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atgatgGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGACTggg > 2:1912597/1‑150 (MQ=255) gatgGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGaa > 2:1654239/1‑150 (MQ=255) tgGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATa < 2:803430/150‑1 (MQ=255) cGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCg < 1:2513729/150‑1 (MQ=255) gATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGt > 2:4322684/1‑150 (MQ=255) 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gaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATg > 1:2459515/1‑150 (MQ=255) gaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATg < 1:1548210/150‑1 (MQ=255) gaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATg > 2:4053187/1‑150 (MQ=255) gaagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATg < 1:814812/150‑1 (MQ=255) aagaTATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATgg > 1:3631844/1‑150 (MQ=255) atatTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACCTGgcgc > 2:588244/1‑150 (MQ=255) tatTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCt < 1:4621133/150‑1 (MQ=255) atTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTg > 2:3510781/1‑150 (MQ=255) cccTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCg < 2:2587331/150‑1 (MQ=255) tataGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGAtt > 2:3107993/1‑150 (MQ=255) 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aCTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACt < 1:2355512/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTg > 2:236401/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTg > 1:373433/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTg < 2:892416/150‑1 (MQ=255) ggTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGcc < 2:2770890/150‑1 (MQ=255) tCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGa > 1:4691913/1‑150 (MQ=255) tCGGTGAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGa > 1:435761/1‑150 (MQ=255) gAAGACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATg < 2:2459515/150‑1 (MQ=255) gACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTa > 2:1375654/1‑150 (MQ=255) gACGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTa < 2:2912276/150‑1 (MQ=255) aCGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCTCATCGTTGTTGGCAATGAATGCGAATACAGTGAAGACATGTCGCTGGAGAATGATGACTGTCAAAAGATCCCATAGATGGTCGCACTCCCGAATATGATaa > 1:3609677/1‑150 (MQ=255) aCGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTaa < 2:3321413/150‑1 (MQ=255) aCGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTaa < 1:3477758/150‑1 (MQ=255) aCGATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTaa < 1:2757445/150‑1 (MQ=255) gATCCTTGGAGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGAGTATGTTAatc > 1:3084918/1‑150 (MQ=255) 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cGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATCatgatg < 2:4751859/150‑1 (MQ=255) cGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATCatgatg < 2:4764627/150‑1 (MQ=255) | TGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGACGGGCAACTGGTCGGTGAAGACGATCCTTGGCGTTTTGTCTGGATGACCTCACCTGATGGCAAATATCGCATCGTTGTTGGCCAGGAATGGGAATACCGTGAAGACATGGCGCTGGCGATTGTTGCCGGGCAATTGATCCCGTGGCTGGTCGCACTGCCGATTATGTTAATCATCATGATG > CP009273/3164082‑3164379 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |