Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,354,405 | C→T | 93.4% | intergenic (+430/‑130) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,354,405 | 0 | C | T | 93.4% | 503.7 / 18.4 | 151 | intergenic (+430/‑130) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/7); new base T (87/54); total (90/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.06e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
AAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAA > CP009273/3354257‑3354551 | aaaaTATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCa < 2:4114613/150‑1 (MQ=255) atatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATttatta > 1:4375006/1‑150 (MQ=255) atatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATttatta > 1:151539/1‑150 (MQ=255) tatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaa < 2:3848844/150‑1 (MQ=255) tatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaa < 2:1440459/150‑1 (MQ=255) gAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaata > 2:1289599/1‑150 (MQ=255) gAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaata > 2:1694103/1‑150 (MQ=255) aaTATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaataa > 2:16115/1‑150 (MQ=255) tataAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTaaataaat > 1:3064367/1‑150 (MQ=255) tataAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTaaataaat > 1:675489/1‑150 (MQ=255) ataAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAaataaata > 2:4631380/1‑150 (MQ=255) aaaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACa < 2:663201/150‑1 (MQ=255) aaaaaaCCAAAATACTAACCAAACTTATCTATATAATGACCTACTTTTCAGCGCAAACATTCCCGTAATTAATAATAATCACCACAAACCCCCTCACAACCCCCTAATACTTCACATGATCGTAACTATAAAATTCAATAAAAAAATAct < 2:2572020/150‑2 (MQ=255) aaaaaCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACAt > 2:2660434/1‑150 (MQ=255) ccAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAg > 2:3482891/1‑150 (MQ=255) ccAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAg > 2:351726/1‑150 (MQ=255) ccAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAg > 1:4298981/1‑150 (MQ=255) cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc > 1:2109040/1‑150 (MQ=255) cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc > 1:2109255/1‑150 (MQ=255) cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc > 2:3701760/1‑150 (MQ=255) cAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGc > 1:2688424/1‑150 (MQ=255) aaTATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCa > 1:2488495/1‑150 (MQ=255) aaTATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCa < 1:3188039/150‑1 (MQ=255) atatatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATACACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCaa > 2:939470/1‑150 (MQ=255) atatatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACAACCTCACCAGCACCTTATTATTAACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCAAGCaa > 2:3333125/1‑150 (MQ=255) atatTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGt > 2:1473334/1‑150 (MQ=255) attatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTg > 2:3942983/1‑150 (MQ=255) attatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTg > 2:1992064/1‑150 (MQ=255) tatCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGc > 1:607220/1‑150 (MQ=255) atCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCt > 2:2722443/1‑150 (MQ=255) tCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTa < 1:3127576/150‑1 (MQ=255) ccTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAt < 2:763520/150‑1 (MQ=255) ccTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAt < 2:4519529/150‑1 (MQ=255) cTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTAtt < 1:2632142/150‑1 (MQ=255) tAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTc > 1:4388236/1‑150 (MQ=255) aaTTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCt < 1:3536819/150‑1 (MQ=255) tATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGaa > 1:176730/1‑150 (MQ=255) aTCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAAc < 1:4272076/150‑1 (MQ=255) tCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACg > 1:2559682/1‑150 (MQ=255) tatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtt < 1:1016548/150‑1 (MQ=255) tatatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtt < 2:2813875/150‑1 (MQ=255) tatTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttat < 1:1990193/150‑1 (MQ=255) atTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatt < 1:2774589/150‑1 (MQ=255) tttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCACGTTGGCTATTTCTGAAAGAGttattta > 2:612802/1‑150 (MQ=255) tttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttattta > 1:2239882/1‑150 (MQ=255) tttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTATGAACGAGttattta > 2:612841/1‑150 (MQ=255) tttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATAAATCCCAGAAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGtttttta > 2:2467355/1‑150 (MQ=255) ttCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGttatttat > 2:2163313/1‑150 (MQ=255) cTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTAtttattta < 1:4141150/150‑1 (MQ=255) aTTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACa > 1:4667193/1‑150 (MQ=255) aTTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACa > 1:2655547/1‑150 (MQ=255) tttttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAt < 1:1005012/150‑1 (MQ=255) ttttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACAtt > 2:1304005/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTca > 1:1039748/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTca > 1:1039514/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTca < 1:937945/150‑1 (MQ=255) cAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcaca > 2:2034833/1‑150 (MQ=255) cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat > 1:548439/1‑150 (MQ=255) cATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat > 2:1151718/1‑150 (MQ=255) tAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTg > 1:1811793/1‑150 (MQ=255) gAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATCTATATACTGCTTc > 2:144462/1‑150 (MQ=255) gAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTc > 2:4142690/1‑150 (MQ=255) aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCa > 2:1571795/1‑150 (MQ=255) aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCa > 1:4662642/1‑150 (MQ=255) ataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAg < 2:2191156/150‑1 (MQ=255) taatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGc > 2:1177206/1‑150 (MQ=255) atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt > 2:4090153/1‑150 (MQ=255) atTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtt > 2:402281/1‑150 (MQ=255) tATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt > 2:2884271/1‑150 (MQ=255) tATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt > 1:1156943/1‑150 (MQ=255) aTCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttttt < 2:273540/150‑1 (MQ=255) caccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttat > 1:4089559/1‑150 (MQ=255) caccacAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttat > 2:3054113/1‑150 (MQ=255) aaaCCACCTCACCATCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATATATAAAATAAATAAAACAAACAAAGATGAATATTAATTAACCATAAATTTATATAAATTCAAAAAAAAAAATATATAGTCCTTCTGCTAATAATTATaaa > 1:4505976/1‑150 (MQ=255) ccaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaaaaaa < 2:2488495/150‑1 (MQ=255) caccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaat > 2:2099522/1‑150 (MQ=255) aCCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt < 2:4388236/150‑1 (MQ=255) aGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGtt < 2:177091/150‑1 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttatta > 2:3396671/1‑150 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGttatta < 1:2101254/150‑1 (MQ=255) cTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTaa > 2:825699/1‑150 (MQ=255) cTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTAAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTaa > 2:825598/1‑150 (MQ=255) ttattaTTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAg < 2:1067583/150‑1 (MQ=255) tattatTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAgg > 2:4337383/1‑150 (MQ=255) tattCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGata < 1:4576701/150‑1 (MQ=255) tattCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGata < 1:4576677/150‑1 (MQ=255) attCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGatat > 2:450057/1‑150 (MQ=255) attCACATGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGatat < 2:2366440/150‑1 (MQ=255) caTGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCa < 1:3701760/150‑1 (MQ=255) aTGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCat < 1:3942983/150‑1 (MQ=255) aTGATCGTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCat < 1:1992064/150‑1 (MQ=255) gATCGTAACTTTAAAATTTATTAAATAAATACATCCCTGCAAGTTGGCTATTTCTGAACTAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAGATCAATTTGTTAGTAAGGATAGGTGCagat > 2:2353805/1‑150 (MQ=255) cGTAACTATAACATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGtt < 1:3958417/150‑1 (MQ=255) gTAACTATAACATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGttt < 2:4374499/150‑1 (MQ=255) gTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGttt > 1:1308477/1‑150 (MQ=255) gTAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGttt < 2:151539/150‑1 (MQ=255) tAACTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGtttt < 1:2217784/150‑1 (MQ=255) cTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCa > 1:387587/1‑150 (MQ=255) cTATAAAATTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCa > 1:386673/1‑150 (MQ=255) aaTTTATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGa < 1:1571795/150‑1 (MQ=255) | AAAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAA > CP009273/3354257‑3354551 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |