| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,411,136 | G→T | 6.6% | A915A (GCG→GCT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,411,136 | 0 | G | T | 6.6% | 976.0 / 31.0 | 257 | A915A (GCG→GCT) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/143); new base T (9/8); total (106/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGAT > CP009273/3410988‑3411285 | gCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGa > 2:1862660/1‑150 (MQ=255) ttATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGaca < 1:4338396/150‑1 (MQ=255) aTCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACAct < 1:281833/150‑1 (MQ=255) tCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACActc > 1:1654268/1‑150 (MQ=255) gggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCtt < 2:3319561/150‑1 (MQ=255) gggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCtt < 1:867570/150‑1 (MQ=255) ggAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCttt < 2:945602/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTaa > 1:2494981/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCCTTaa < 1:4111430/150‑1 (MQ=255) aaCCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAAt < 2:3274644/150‑1 (MQ=255) cAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaa < 1:2177954/150‑1 (MQ=255) cTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaaaaaa < 1:4609126/150‑1 (MQ=255) tCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCTACACTCTTTAATCaaaaaaa > 1:1404057/1‑150 (MQ=255) tCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCaaaaaaa > 1:1025750/1‑150 (MQ=255) cccGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAAt < 2:30381/150‑1 (MQ=255) cccGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAAt < 1:2598187/150‑1 (MQ=255) tGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCt > 2:1197215/1‑150 (MQ=255) aGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCTATGAAAGCTGGTCAATTCCTGTCTCGGTTATGTTGGTAGTGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACtt < 1:1683999/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |