| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 291,453 | A→T | 29.1% | L452* (TTA→TAA) | intF ← | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 291,453 | 0 | A | T | 29.1% | 271.3 / 155.0 | 165 | L452* (TTA→TAA) | intF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/43); new base T (28/20); total (102/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |