Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,551,503 | T→C | 8.6% | intergenic (‑65/‑124) | rtcB ← / → rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP009273 | 3,551,503 | 0 | T | C | 8.6% | 665.4 / 42.6 | 209 | intergenic (‑65/‑124) | rtcB/rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/101); new base C (2/16); total (92/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCT > CP009273/3551354‑3551651 | cTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATa < 1:2609201/150‑1 (MQ=255) cTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATa > 1:2105052/1‑150 (MQ=255) cgcgCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAagca < 2:1728038/150‑1 (MQ=255) 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aaaTTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggct > 1:1572207/1‑150 (MQ=255) aaTTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggctt > 2:4622585/1‑150 (MQ=255) aTTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttt < 2:3077317/150‑1 (MQ=255) aTTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttt < 2:2324173/150‑1 (MQ=255) aTTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttt < 1:2260382/150‑1 (MQ=255) 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aTAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttttggct > 2:1979658/1‑150 (MQ=255) aTAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGtggcttttggct > 1:2799311/1‑150 (MQ=255) | GCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCT > CP009273/3551354‑3551651 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |