| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,656,367 | C→A | 5.0% | A865E (GCG→GAG) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,656,367 | 0 | C | A | 5.0% | 1151.8 / 23.9 | 303 | A865E (GCG→GAG) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/168); new base A (6/10); total (123/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
ACGCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCG > CP009273/3656218‑3656516 | gCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGt < 2:361355/150‑1 (MQ=255) cTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACAATCGTATCAGGAAGCGtt > 2:2944428/1‑150 (MQ=255) aCAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTAt < 2:1563913/150‑1 (MQ=255) 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ccGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGcgtcg < 1:4436474/150‑1 (MQ=255) ccGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGcgtcg > 1:1486558/1‑150 (MQ=255) ccGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGcgtcg < 1:3346455/150‑1 (MQ=255) cGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGcgtcgt < 2:4434801/150‑1 (MQ=255) ggACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGtt < 1:3262089/150‑1 (MQ=255) gACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTg < 1:3974068/150‑1 (MQ=255) aTCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGgcgc < 1:4115481/150‑1 (MQ=255) tCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCa > 1:4685921/1‑150 (MQ=255) cGTATCAGGTAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCAt < 2:749966/150‑1 (MQ=255) tCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTTTGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACt < 2:1106660/150‑1 (MQ=255) 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aaGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCa > 2:755634/1‑150 (MQ=255) cGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCg < 2:241411/150‑1 (MQ=255) | ACGCTACAACGGCATCCCGTCAATGGAGATTTTAGGTGAAGCGGCGGCCGGGAAAAGTACCGGTGACGCCATGAAATTTATGGCAGACCTGGTCGCTAAACTTCCGGCAGGCGTCGGCTACTCATGGACCGGACTATCGTATCAGGAAGCGTTATCCTCAAATCAGGCTCCTGCGCTGTATGCGATTTCACTGGTCGTGGTGTTCCTCGCCCTCGCCGCACTCTATGAGAGCTGGTCAATTCCGTTCTCGGTGATGTTGGTTGTTCCGTTAGGCGTCGTTGGCGCATTACTGGCCACCG > CP009273/3656218‑3656516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |