| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 307,454 | G→A | 8.5% | intergenic (‑407/‑369) | ecpR ← / → ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 307,454 | 0 | G | A | 8.5% | 633.5 / 34.1 | 188 | intergenic (‑407/‑369) | ecpR/ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/60); new base A (11/5); total (123/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GGTTATTGGCAATATAACGTTCAATTCTTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAG > CP009273/307305‑307603 | ggTTATTGGCAATATAACGTTCAATTCTTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTatg < 1:4444761/150‑1 (MQ=255)ggTTATTGGCAATATAACGTTCAATTCTTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTatg < 1:2405422/150‑1 (MQ=255) ttGGCAATATAACGTTCAATTCTTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAg < 1:2164480/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |